DMR 33 chr1:3115351-3115500 (150bp)

DMR Stats
Positionchr1:3115351-3115500 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesPRDM16 (0bp away)
ANODEV p-value0.0132885388747
FrequenciesBenign: 5.0 (71.43%), Low: 6.0 (100.0%), High: 8.0 (88.89 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
33 PRDM16 117 uc001akc.3 chr1 2985742 3355185 + 150 100.0 1.25 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
33 PRDM16 117 uc001ake.3 chr1 2985742 3355185 + 150 100.0 0.75 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
33 PRDM16 117 uc001akf.3 chr1 2985742 3355185 + 150 100.0 1.25 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
33 PRDM16 117 uc009vlh.3 chr1 2985742 3355185 + 150 100.0 0.75 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
  • 4 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
33 chr1 3115273 3115948 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 KAP1 score:450, expCount:1, expNums:365, expScores:450, srow:8739
33 chr1 3115291 3115700 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 GATA2 score:755, expCount:1, expNums:586, expScores:755, srow:8740
33 chr1 3115295 3115810 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 TCF7L2 score:377, expCount:1, expNums:367, expScores:377, srow:8741
33 chr1 3115357 3115374 tfbsConsSites V$CEBP_C score:806, zScore:1.7, srow:5973
33 chr1 3115384 3115397 tfbsConsSites V$OCT1_06 score:883, zScore:2.09, srow:5974
33 chr1 3115388 3115401 tfbsConsSites V$SOX9_B1 score:861, zScore:1.81, srow:5975
33 chr1 3115407 3115415 tfbsConsSites V$PBX1_01 score:914, zScore:1.83, srow:5976
33 chr1 3115416 3115431 tfbsConsSites V$MEF2_01 score:758, zScore:1.74, srow:5977
33 chr1 3115471 3115481 tfbsConsSites V$GATA_C score:884, zScore:1.67, srow:5978
33 chr1 3115474 3115483 tfbsConsSites V$GATA6_01 score:970, zScore:1.76, srow:5979
33 chr1 3115482 3115496 tfbsConsSites V$TST1_01 score:840, zScore:1.83, srow:5980
33 chr1 3115497 3115520 tfbsConsSites V$GFI1_01 score:793, zScore:1.77, srow:5981
33 chr1 3115362 3115420 phastConsElements100way lod=222 score:528, srow:13339
33 chr1 3115422 3115428 phastConsElements100way lod=33 score:340, srow:13340
33 chr1 3115431 3115494 phastConsElements100way lod=404 score:588, srow:13341
33 chr1 3115497 3115527 phastConsElements100way lod=258 score:543, srow:13342
33 chr1 3113910 3115909 cpgShelf — values(x.gr)[overs$srow, ]:251
  • 17 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
33 cellmeth_recounts PrEC: 1, LNCaP: 1, DU145: 1
33 cellexp id=ENSG00000142611, name=PRDM16, PrEC=8, str=18, LNCaP=18, str=10, DU145=49, str=42
33 tcgameth site:cg07364162, B=0.5, L=0.7, H=0.65
33 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
33 tcgaexp gene=PRDM16, entrez=63976, pos=chr1:2985742-3355185(+), B=306, L=40, M=53, H=56
33 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305