DMR 186 chr1:29585951-29586150 (200bp)

DMR Stats
Positionchr1:29585951-29586150 (View on UCSC)
Width200bp
Genomic Contextexon
Nearest GenesPTPRU (0bp away)
ANODEV p-value0.000425042744772
FrequenciesBenign: 0.0 (0.0%), Low: 4.0 (66.67%), High: 2.0 (22.22 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
186 PTPRU 551 uc001bru.3 chr1 29563028 29653325 + 200 100.0 0.04 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (5), E5 (58), I5 (37.5), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0) 0.0
186 PTPRU 551 uc001brw.3 chr1 29563028 29653325 + 200 100.0 0.04 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (5), E5 (58), I5 (37.5), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0) 0.0
186 PTPRU 551 uc009vtq.3 chr1 29563028 29653325 + 200 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (5), E5 (58), I5 (37.5), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0) 0.0
186 PTPRU 551 uc009vtr.3 chr1 29563028 29653325 + 200 100.0 0.05 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (5), E5 (58), I5 (37.5), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0) 0.0
  • 4 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
186 chr1 29586038 29586039 phastConsElements100way lod=24 score:308, srow:123261
186 chr1 29586041 29586042 phastConsElements100way lod=42 score:363, srow:123262
186 chr1 29586045 29586048 phastConsElements100way lod=33 score:340, srow:123263
186 chr1 29586053 29586057 phastConsElements100way lod=63 score:404, srow:123264
186 chr1 29586059 29586062 phastConsElements100way lod=51 score:383, srow:123265
186 chr1 29586065 29586081 phastConsElements100way lod=186 score:511, srow:123266
186 chr1 29585898 29586598 cpgIsland CpG: 68 length:701, cpgNum:68, gcNum:490, perCpg:19.4, perGc:69.9, obsExp:0.79, srow:771

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
186 cellmeth_recounts PrEC: 23, LNCaP: 42, DU145: 6
186 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=43, B=5, Length=480, Event=Down, log2FC=-3.1, padj=3.9490593989743e-07
186 cellmeth_diffreps_LNCaPvsDU145 A=38.49, B=4.68, Length=440, Event=Down, log2FC=-3.04, padj=9.98631028366022e-06
186 cellexp id=ENSG00000060656, name=PTPRU, PrEC=6021, str=4109, LNCaP=3945, str=1962, DU145=1240, str=483
186 tcgaexp gene=PTPRU, entrez=10076, pos=chr1:29563028-29653325(+), B=3541, L=2248, M=2360, H=1949
186 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305