DMR 186 chr1:29585951-29586150 (200bp)

DMR Stats
Positionchr1:29585951-29586150 (View on UCSC)
Width200bp
Genomic Contextexon
Nearest GenesPTPRU (0bp away)
ANODEV p-value0.000425042744772
FrequenciesBenign: 0.0 (0.0%), Low: 4.0 (66.67%), High: 2.0 (22.22 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
186 PTPRU 551 uc001bru.3 chr1 29563028 29653325 + 200 100.0 0.04 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (5), E5 (58), I5 (37.5), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0) 0.0
186 PTPRU 551 uc001brw.3 chr1 29563028 29653325 + 200 100.0 0.04 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (5), E5 (58), I5 (37.5), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0) 0.0
186 PTPRU 551 uc009vtq.3 chr1 29563028 29653325 + 200 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (5), E5 (58), I5 (37.5), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0) 0.0
186 PTPRU 551 uc009vtr.3 chr1 29563028 29653325 + 200 100.0 0.05 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (5), E5 (58), I5 (37.5), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0) 0.0
  • 4 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
186 chr1 29585958 29585961 phastConsElements100way lod=49 score:379, srow:123251
186 chr1 29585963 29585967 phastConsElements100way lod=70 score:414, srow:123252
186 chr1 29585969 29585970 phastConsElements100way lod=30 score:330, srow:123253
186 chr1 29585972 29585988 phastConsElements100way lod=204 score:520, srow:123254
186 chr1 29585990 29585991 phastConsElements100way lod=37 score:351, srow:123255
186 chr1 29585989 29585996 tfbsConsSites V$ATF6_01 score:891, zScore:2.02, srow:64686
186 chr1 29585985 29586001 tfbsConsSites V$XBP1_01 score:795, zScore:1.92, srow:64685
186 chr1 29585991 29586003 tfbsConsSites V$RORA1_01 score:877, zScore:1.86, srow:64687
186 chr1 29585993 29586003 phastConsElements100way lod=172 score:503, srow:123256
186 chr1 29585981 29586004 tfbsConsSites V$HTF_01 score:786, zScore:2.18, srow:64684
186 chr1 29586005 29586006 phastConsElements100way lod=38 score:354, srow:123257
186 chr1 29586009 29586009 cosmic COSM333369 srow:19014
186 chr1 29586009 29586009 cosmic COSM333368 srow:19015
186 chr1 29586008 29586015 phastConsElements100way lod=115 score:463, srow:123258
186 chr1 29586017 29586021 phastConsElements100way lod=49 score:379, srow:123259
186 chr1 29586023 29586036 phastConsElements100way lod=203 score:519, srow:123260
186 chr1 29586038 29586039 phastConsElements100way lod=24 score:308, srow:123261
186 chr1 29586025 29586042 tfbsConsSites V$MIF1_01 score:779, zScore:1.96, srow:64688
186 chr1 29586041 29586042 phastConsElements100way lod=42 score:363, srow:123262
186 chr1 29586046 29586046 cosmic COSM139277 srow:19016
186 chr1 29586045 29586048 phastConsElements100way lod=33 score:340, srow:123263
186 chr1 29586053 29586057 phastConsElements100way lod=63 score:404, srow:123264
186 chr1 29586030 29586058 tfbsConsSites V$MYOGNF1_01 score:742, zScore:1.79, srow:64689
186 chr1 29586059 29586062 phastConsElements100way lod=51 score:383, srow:123265
186 chr1 29586065 29586081 phastConsElements100way lod=186 score:511, srow:123266
  • Page 1 of 2
  • 25 of 32 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
186 cellmeth_recounts PrEC: 23, LNCaP: 42, DU145: 6
186 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=43, B=5, Length=480, Event=Down, log2FC=-3.1, padj=3.9490593989743e-07
186 cellmeth_diffreps_LNCaPvsDU145 A=38.49, B=4.68, Length=440, Event=Down, log2FC=-3.04, padj=9.98631028366022e-06
186 cellexp id=ENSG00000060656, name=PTPRU, PrEC=6021, str=4109, LNCaP=3945, str=1962, DU145=1240, str=483
186 tcgaexp gene=PTPRU, entrez=10076, pos=chr1:29563028-29653325(+), B=3541, L=2248, M=2360, H=1949
186 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305