DMR Stats
Positionchr1:2099351-2099650 (View on UCSC)
Width300bp
Genomic Contextpromoter
Nearest GenesPRKCZ (0bp away)
ANODEV p-value0.00753938480461
FrequenciesBenign: 7.0 (100.0%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
21 PRKCZ 94 uc001aiq.3 chr1 1981909 2116834 + 300 100.0 0.43 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (100), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0) 0.0
21 PRKCZ 94 uc001air.3 chr1 2005086 2116834 + 300 100.0 0.58 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (100), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0) 0.0
21 PRKCZ 94 uc001ais.3 chr1 2036155 2116834 + 300 100.0 0.43 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (100), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0) 0.0
21 PRKCZ 94 uc010nyw.2 chr1 2005425 2116834 + 300 100.0 0.43 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (100), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0) 0.0
21 PRKCZ 94 uc010nyx.2 chr1 2076796 2116834 + 300 100.0 2.13 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (100), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0) 0.0
  • 5 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
21 chr1 2099606 2099895 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 3 score:203, srow:1278
  • 1 features

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
21 cellmeth_recounts PrEC: 80, LNCaP: 9, DU145: 8
21 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=461, B=40, Length=2100, Event=Down, log2FC=-3.53, padj=0
21 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=461, B=37, Length=2060, Event=Down, log2FC=-3.64, padj=0
21 cellexp id=ENSG00000067606, name=PRKCZ, PrEC=1187, str=1283, LNCaP=1606, str=1028, DU145=964, str=723
21 tcgameth site:cg07093776, B=0.97, L=0.96, H=0.96
21 tcgaexp gene=PRKCZ, entrez=5590, pos=chr1:1981909-2116834(+), B=1809, L=2383, M=2268, H=1943
21 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
21 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305