DMR 1023 chr2:80816351-80816500 (150bp)
| DMR Stats | |
|---|---|
| Position | chr2:80816351-80816500 (View on UCSC) |
| Width | 150bp |
| Genomic Context | promoter |
| Nearest Genes | CTNNA2 (0bp away) |
| ANODEV p-value | 0.00443047153108 |
| Frequencies | Benign: 7.0 (100.0%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %) |
| Frequent? |
Region Count Boxplot
Region Overview
Gene Overlaps
| Dmrid | Gene Symbol | Gene Id | Isoform Id | Isoform Chr | Isoform Start | Isoform End | Isoform Strand | Overlap Bp | Query Overlap Per | Isoform Overlap Per | Noncoding | Promoter Per | Exonintron Per | End Per |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1023 | CTNNA2 | 16575 | uc010yse.2 | chr2 | 79412357 | 80875988 | + | 150 | 100.0 | 0.17 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (52), E19 (48), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0) | 0.0 |
| 1023 | CTNNA2 | 16575 | uc010ysf.2 | chr2 | 79740060 | 80875988 | + | 150 | 100.0 | 0.17 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (52), E15 (48), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0) | 0.0 |
| 1023 | CTNNA2 | 16575 | uc010ysg.2 | chr2 | 79740060 | 80875988 | + | 150 | 100.0 | 0.22 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (52), E15 (48), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) | 0.0 |
| 1023 | CTNNA2 | 16575 | uc010ysh.2 | chr2 | 79878678 | 80875988 | + | 150 | 100.0 | 0.28 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (52), E14 (48), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0) | 0.0 |
| 1023 | CTNNA2 | 16575 | uc010ysi.2 | chr2 | 80532242 | 80875988 | + | 150 | 100.0 | 0.17 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (52), E9 (48), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) | 0.0 |
| 1023 | CTNNA2 | 16575 | uc010ysj.2 | chr2 | 80816178 | 80875988 | + | 150 | 100.0 | 0.17 | 0 | 100.0 | E1 (100), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0) | 0.0 |
- 6 geness
Feature Overlaps
| Dmrid | Feature Chr | Feature Start | Feature End | Set | Name | Fields |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1023 | chr2 | 80816387 | 80816397 | tfbsConsSites | V$AP1_Q4 | score:900, zScore:1.74, srow:2692320 |
| 1023 | chr2 | 80816424 | 80816443 | tfbsConsSites | V$YY1_02 | score:802, zScore:2.33, srow:2692321 |
| 1023 | chr2 | 80816433 | 80816446 | tfbsConsSites | V$CEBPB_02 | score:851, zScore:1.74, srow:2692322 |
| 1023 | chr2 | 80816433 | 80816446 | tfbsConsSites | V$CEBP_Q2 | score:898, zScore:2.05, srow:2692323 |
| 1023 | chr2 | 80816435 | 80816444 | tfbsConsSites | V$HLF_01 | score:945, zScore:3.18, srow:2692324 |
| 1023 | chr2 | 80816435 | 80816464 | tfbsConsSites | V$HOX13_01 | score:706, zScore:1.7, srow:2692325 |
| 1023 | chr2 | 80816441 | 80816447 | tfbsConsSites | V$EN1_01 | score:988, zScore:2.09, srow:2692326 |
| 1023 | chr2 | 80816472 | 80816487 | tfbsConsSites | V$E47_02 | score:888, zScore:1.9, srow:2692327 |
| 1023 | chr2 | 80816474 | 80816485 | tfbsConsSites | V$AREB6_02 | score:895, zScore:1.65, srow:2692328 |
| 1023 | chr2 | 80816438 | 80816438 | cosmic | COSM1023221 | srow:658323 |
| 1023 | chr2 | 80816439 | 80816439 | cosmic | COSM1409709 | srow:658324 |
| 1023 | chr2 | 80816440 | 80816440 | cosmic | COSM576113 | srow:658325 |
| 1023 | chr2 | 80816448 | 80816448 | cosmic | COSM1409710 | srow:658326 |
| 1023 | chr2 | 80816495 | 80816495 | cosmic | COSM722228 | srow:658327 |
| 1023 | chr2 | 80816498 | 80816498 | cosmic | COSM576112 | srow:658328 |
| 1023 | chr2 | 80816417 | 80816439 | phastConsElements100way | lod=232 | score:533, srow:4654510 |
| 1023 | chr2 | 80816441 | 80816445 | phastConsElements100way | lod=50 | score:381, srow:4654511 |
| 1023 | chr2 | 80816447 | 80816448 | phastConsElements100way | lod=29 | score:327, srow:4654512 |
| 1023 | chr2 | 80816450 | 80816472 | phastConsElements100way | lod=293 | score:556, srow:4654513 |
| 1023 | chr2 | 80816474 | 80816517 | phastConsElements100way | lod=524 | score:613, srow:4654514 |
- 20 featuress
Omics Overlaps
| Dmrid | Omic Set | Data | Plot |
|---|---|---|---|
| 1023 | cellmeth_recounts | PrEC: 3, LNCaP: 0, DU145: 0 |  |
| 1023 | cellexp | id=ENSG00000066032, name=CTNNA2, PrEC=0, str=0, LNCaP=16, str=33, DU145=2, str=3 |  |
| 1023 | cellexp | id=ENSG00000237031, name=AC008067.2, PrEC=0, str=0, LNCaP=0, str=0, DU145=39, str=33 |  |
| 1023 | tcgameth | site:cg03774724, B=0.9, L=0.88, H=0.82 |  |
| 1023 | tcgaexp | gene=CTNNA2, entrez=1496, pos=chr2:79412357-80875988(+), B=113, L=12, M=25, H=40 |  |