DMR 10334 chr1:19564451-19564650 (200bp)
| DMR Stats | |
|---|---|
| Position | chr1:19564451-19564650 (View on UCSC) |
| Width | 200bp |
| Genomic Context | exon |
| Nearest Genes | EMC1 (0bp away) |
| ANODEV p-value | 0.00247291340214 |
| Frequencies | Benign: 5.0 (71.43%), Low: 1.0 (16.67%), High: 8.0 (88.89 %) |
| Frequent? |
Region Count Boxplot
Region Overview
Gene Overlaps
| Dmrid | Gene Symbol | Gene Id | Isoform Id | Isoform Chr | Isoform Start | Isoform End | Isoform Strand | Overlap Bp | Query Overlap Per | Isoform Overlap Per | Noncoding | Promoter Per | Exonintron Per | End Per |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10334 | EMC1 | 351 | uc001bbo.4 | chr1 | 19542158 | 19578053 | - | 200 | 100.0 | 0.53 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (9), E11 (61.5), I11 (30), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0) | 0.0 |
| 10334 | EMC1 | 351 | uc001bbp.4 | chr1 | 19542158 | 19578053 | - | 200 | 100.0 | 0.2 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (9), E11 (61.5), I11 (30), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0) | 0.0 |
| 10334 | EMC1 | 351 | uc001bbq.4 | chr1 | 19542158 | 19578053 | - | 200 | 100.0 | 0.2 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (9), E11 (61.5), I11 (30), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0) | 0.0 |
| 10334 | EMC1 | 351 | uc001bbr.4 | chr1 | 19542158 | 19578053 | - | 200 | 100.0 | 0.2 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (9), E10 (61.5), I10 (30), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0) | 0.0 |
- 4 geness
Feature Overlaps
| Dmrid | Feature Chr | Feature Start | Feature End | Set | Name | Fields |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 10334 | chr1 | 19564612 | 19564625 | tfbsConsSites | V$CEBPB_02 | score:846, zScore:1.64, srow:40042 |
| 10334 | chr1 | 19564569 | 19564569 | cosmic | COSM1211829 | srow:11838 |
| 10334 | chr1 | 19564614 | 19564614 | cosmic | COSM531395 | srow:11839 |
| 10334 | chr1 | 19564624 | 19564624 | cosmic | COSM901468 | srow:11840 |
| 10334 | chr1 | 19564506 | 19564516 | phastConsElements100way | lod=84 | score:432, srow:75309 |
| 10334 | chr1 | 19564518 | 19564527 | phastConsElements100way | lod=68 | score:411, srow:75310 |
| 10334 | chr1 | 19564530 | 19564541 | phastConsElements100way | lod=78 | score:425, srow:75311 |
| 10334 | chr1 | 19564545 | 19564552 | phastConsElements100way | lod=45 | score:370, srow:75312 |
| 10334 | chr1 | 19564554 | 19564573 | phastConsElements100way | lod=138 | score:481, srow:75313 |
| 10334 | chr1 | 19564575 | 19564576 | phastConsElements100way | lod=24 | score:308, srow:75314 |
| 10334 | chr1 | 19564578 | 19564591 | phastConsElements100way | lod=75 | score:421, srow:75315 |
| 10334 | chr1 | 19564593 | 19564623 | phastConsElements100way | lod=249 | score:540, srow:75316 |
| 10334 | chr1 | 19564632 | 19564635 | phastConsElements100way | lod=37 | score:351, srow:75317 |
- 13 featuress
Omics Overlaps
| Dmrid | Omic Set | Data | Plot |
|---|---|---|---|
| 10334 | cellmeth_recounts | PrEC: 11, LNCaP: 0, DU145: 4 |  |
| 10334 | cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP | A=16, B=0, Length=360, Event=Down, log2FC=-Inf, padj=0.00011637956137607 |  |
| 10334 | cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 | A=15, B=0, Length=220, Event=Down, log2FC=-Inf, padj=0.000269565104641442 |  |
| 10334 | cellexp | id=ENSG00000127463, name=EMC1, PrEC=9604, str=14149, LNCaP=3402, str=4274, DU145=6061, str=8096 |  |
| 10334 | cellexp | id=ENSG00000230424, name=RP1-43E13.2, PrEC=3, str=4, LNCaP=5, str=9, DU145=5, str=6 |  |
| 10334 | tcgaexp | gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019 |  |
| 10334 | tcgaexp | gene=EMC1, entrez=23065, pos=chr1:19542158-19578053(-), B=3107, L=4126, M=4001, H=3654 |  |
| 10334 | tcgaexp | gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305 |  |