DMR 10367 chr1:22159701-22159900 (200bp)

DMR Stats
Positionchr1:22159701-22159900 (View on UCSC)
Width200bp
Genomic Contextexon
Nearest GenesHSPG2 (0bp away)
ANODEV p-value0.00555690254438
FrequenciesBenign: 5.0 (71.43%), Low: 0.0 (0.0%), High: 7.0 (77.78 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
10367 HSPG2 397 uc001bfj.3 chr1 22148737 22263750 - 200 100.0 0.04 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0), I32 (0), E33 (0), I33 (0), E34 (0), I34 (0), E35 (0), I35 (0), E36 (0), I36 (0), E37 (0), I37 (0), E38 (0), I38 (0), E39 (0), I39 (0), E40 (0), I40 (0), E41 (0), I41 (0), E42 (0), I42 (0), E43 (0), I43 (0), E44 (0), I44 (0), E45 (0), I45 (0), E46 (0), I46 (0), E47 (0), I47 (0), E48 (0), I48 (0), E49 (0), I49 (0), E50 (0), I50 (0), E51 (0), I51 (0), E52 (0), I52 (0), E53 (0), I53 (0), E54 (0), I54 (0), E55 (0), I55 (0), E56 (0), I56 (0), E57 (0), I57 (0), E58 (0), I58 (0), E59 (0), I59 (0), E60 (0), I60 (0), E61 (0), I61 (0), E62 (0), I62 (0), E63 (0), I63 (0), E64 (0), I64 (0), E65 (0), I65 (0), E66 (0), I66 (0), E67 (0), I67 (0), E68 (0), I68 (0), E69 (0), I69 (0), E70 (0), I70 (0), E71 (0), I71 (0), E72 (0), I72 (0), E73 (0), I73 (0), E74 (0), I74 (0), E75 (0), I75 (0), E76 (0), I76 (0), E77 (0), I77 (0), E78 (0), I78 (0), E79 (0), I79 (12), E80 (58.5), I80 (30), E81 (0), I81 (0), E82 (0), I82 (0), E83 (0), I83 (0), E84 (0), I84 (0), E85 (0), I85 (0), E86 (0), I86 (0), E87 (0), I87 (0), E88 (0), I88 (0), E89 (0), I89 (0), E90 (0), I90 (0), E91 (0), I91 (0), E92 (0), I92 (0), E93 (0), I93 (0), E94 (0), I94 (0), E95 (0), I95 (0), E96 (0), I96 (0), E97 (0) 0.0
10367 HSPG2 397 uc009vqd.3 chr1 22148737 22263750 - 200 100.0 0.04 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0), I32 (0), E33 (0), I33 (0), E34 (0), I34 (0), E35 (0), I35 (0), E36 (0), I36 (0), E37 (0), I37 (0), E38 (0), I38 (0), E39 (0), I39 (0), E40 (0), I40 (0), E41 (0), I41 (0), E42 (0), I42 (0), E43 (0), I43 (0), E44 (0), I44 (0), E45 (0), I45 (0), E46 (0), I46 (0), E47 (0), I47 (0), E48 (0), I48 (0), E49 (0), I49 (0), E50 (0), I50 (0), E51 (0), I51 (0), E52 (0), I52 (0), E53 (0), I53 (0), E54 (0), I54 (0), E55 (0), I55 (0), E56 (0), I56 (0), E57 (0), I57 (0), E58 (0), I58 (0), E59 (0), I59 (0), E60 (0), I60 (0), E61 (0), I61 (0), E62 (0), I62 (0), E63 (0), I63 (0), E64 (0), I64 (0), E65 (0), I65 (0), E66 (0), I66 (0), E67 (0), I67 (0), E68 (0), I68 (0), E69 (0), I69 (0), E70 (0), I70 (0), E71 (0), I71 (0), E72 (0), I72 (0), E73 (0), I73 (0), E74 (0), I74 (0), E75 (0), I75 (0), E76 (0), I76 (0), E77 (0), I77 (0), E78 (0), I78 (0), E79 (0), I79 (12), E80 (58.5), I80 (30), E81 (0), I81 (0), E82 (0), I82 (0), E83 (0), I83 (0), E84 (0), I84 (0), E85 (0), I85 (0), E86 (0), I86 (0), E87 (0), I87 (0), E88 (0), I88 (0), E89 (0), I89 (0), E90 (0), I90 (0), E91 (0), I91 (0), E92 (0), I92 (0), E93 (0), I93 (0), E94 (0), I94 (0), E95 (0), I95 (0), E96 (0), I96 (0), E97 (0) 0.0
  • 2 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
10367 chr1 22159786 22160475 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 28 score:717, srow:17503
10367 chr1 22159621 22160197 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 POLR2A score:221, expCount:2, expNums:206,461, expScores:221,129, srow:57526
10367 chr1 22159758 22159767 tfbsConsSites V$GATA1_01 score:942, zScore:1.77, srow:45051
10367 chr1 22159758 22159767 tfbsConsSites V$GATA2_01 score:937, zScore:1.66, srow:45052
10367 chr1 22159773 22159786 tfbsConsSites V$ELK1_02 score:900, zScore:2.27, srow:45053
10367 chr1 22159798 22159811 tfbsConsSites V$ELK1_02 score:862, zScore:1.66, srow:45054
10367 chr1 22159855 22159866 tfbsConsSites V$CREB_Q2 score:856, zScore:1.87, srow:45055
10367 chr1 22159764 22159764 cosmic COSM1728381 srow:13308
10367 chr1 22159808 22159808 cosmic COSM532849 srow:13309
10367 chr1 22159755 22159761 phastConsElements100way lod=65 score:407, srow:84608
10367 chr1 22159763 22159764 phastConsElements100way lod=29 score:327, srow:84609
10367 chr1 22159766 22159773 phastConsElements100way lod=67 score:410, srow:84610
10367 chr1 22159775 22159812 phastConsElements100way lod=400 score:587, srow:84611
10367 chr1 22159814 22159830 phastConsElements100way lod=228 score:531, srow:84612
10367 chr1 22159832 22159845 phastConsElements100way lod=157 score:494, srow:84613
10367 chr1 22159847 22159848 phastConsElements100way lod=38 score:354, srow:84614
10367 chr1 22159850 22159854 phastConsElements100way lod=61 score:400, srow:84615
10367 chr1 22159856 22159880 phastConsElements100way lod=270 score:548, srow:84616
10367 chr1 22159884 22159890 phastConsElements100way lod=29 score:327, srow:84617
  • 19 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
10367 cellmeth_recounts PrEC: 21, LNCaP: 0, DU145: 0
10367 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=97, B=2, Length=640, Event=Down, log2FC=-5.6, padj=0
10367 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=97, B=0, Length=660, Event=Down, log2FC=-Inf, padj=0
10367 cellexp id=ENSG00000142798, name=HSPG2, PrEC=26121, str=40998, LNCaP=1466, str=693, DU145=23682, str=17218
10367 tcgaexp gene=HSPG2, entrez=3339, pos=chr1:22148737-22263750(-), B=25148, L=16737, M=17519, H=21321
10367 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
10367 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305