DMR 10896 chr1:155148001-155148150 (150bp)

DMR Stats
Positionchr1:155148001-155148150 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Context3' end
Nearest GenesTRIM46 (0bp away)
ANODEV p-value0.0127754996892
FrequenciesBenign: 6.0 (85.71%), Low: 2.0 (33.33%), High: 7.0 (77.78 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
10896 TRIM46 1811 uc001fhq.4 chr1 155146263 155153071 + 150 100.0 0.14 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (82), I2 (18.67), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) 0.0
10896 TRIM46 1811 uc001fhr.4 chr1 155146263 155153071 + 150 100.0 0.1 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (82), I2 (18.67), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0) 0.0
10896 TRIM46 1811 uc001fhs.2 chr1 155146263 155157447 + 150 100.0 0.14 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (82), I2 (18.67), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) 0.0
10896 TRIM46 1811 uc001fht.2 chr1 155146263 155157447 + 150 100.0 0.1 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (82), I2 (18.67), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) 0.0
10896 TRIM46 1811 uc001fhu.2 chr1 155146263 155157447 + 150 100.0 0.1 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (82), I2 (18.67), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) 0.0
10896 TRIM46 1811 uc001fhw.2 chr1 155147230 155157447 + 150 100.0 0.14 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (82), I3 (18.67), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
10896 TRIM46 1811 uc009wpe.1 chr1 155145421 155154625 + 150 100.0 0.14 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (82), I3 (18.67), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
10896 TRIM46 1811 uc009wpf.2 chr1 155147077 155148927 + 150 100.0 0.1 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (100) 100.0
10896 TRIM46 1811 uc009wpg.1 chr1 155147070 155154625 + 150 100.0 0.14 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (82), I2 (18.67), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0) 0.0
10896 TRIM46 1811 uc010pez.2 chr1 155146263 155157447 + 150 100.0 0.1 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (82), I3 (18.67), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) 0.0
10896 TRIM46 1811 uc010pfa.2 chr1 155146263 155157447 + 150 100.0 0.12 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0) 0.0
10896 TRIM46 1811 uc031pps.1 chr1 155147230 155157447 + 150 100.0 0.16 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (82), I2 (18.67), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) 0.0
  • 12 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
10896 chr1 155148006 155148013 tfbsConsSites V$MZF1_01 score:1000, zScore:2.23, srow:312709
10896 chr1 155148036 155148050 tfbsConsSites V$TAXCREB_01 score:779, zScore:1.74, srow:312710
10896 chr1 155148038 155148049 tfbsConsSites V$PAX4_03 score:904, zScore:1.64, srow:312711
10896 chr1 155148086 155148096 tfbsConsSites V$CP2_01 score:895, zScore:2, srow:312712
10896 chr1 155148089 155148104 tfbsConsSites V$HAND1E47_01 score:863, zScore:2.17, srow:312713
10896 chr1 155148093 155148111 tfbsConsSites V$ER_Q6 score:796, zScore:2, srow:312714
10896 chr1 155148113 155148124 tfbsConsSites V$CREB_Q2 score:857, zScore:1.89, srow:312715
10896 chr1 155148028 155148028 cosmic COSM140962 srow:69861
10896 chr1 155148057 155148057 cosmic COSM1600905 srow:69862
10896 chr1 155148067 155148067 cosmic COSM675803 srow:69863
10896 chr1 155148067 155148067 cosmic COSM896781 srow:69864
10896 chr1 155147998 155148022 phastConsElements100way lod=119 score:467, srow:549774
10896 chr1 155148024 155148040 phastConsElements100way lod=123 score:470, srow:549775
10896 chr1 155148042 155148049 phastConsElements100way lod=61 score:400, srow:549776
10896 chr1 155148051 155148055 phastConsElements100way lod=32 score:337, srow:549777
10896 chr1 155148057 155148058 phastConsElements100way lod=29 score:327, srow:549778
10896 chr1 155148060 155148070 phastConsElements100way lod=88 score:437, srow:549779
10896 chr1 155148075 155148076 phastConsElements100way lod=27 score:320, srow:549780
10896 chr1 155148078 155148097 phastConsElements100way lod=106 score:455, srow:549781
10896 chr1 155148099 155148100 phastConsElements100way lod=26 score:316, srow:549782
10896 chr1 155148103 155148133 phastConsElements100way lod=256 score:542, srow:549783
10896 chr1 155148147 155148152 phastConsElements100way lod=23 score:304, srow:549784
10896 chr1 155147445 155149444 cpgShore — values(x.gr)[overs$srow, ]:3212
  • 23 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
10896 cellmeth_recounts PrEC: 15, LNCaP: 3, DU145: 5
10896 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=25, B=2, Length=360, Event=Down, log2FC=-3.64, padj=7.23962993615598e-05
10896 cellexp id=ENSG00000163462, name=TRIM46, PrEC=491, str=1527, LNCaP=252, str=185, DU145=349, str=173
10896 tcgaexp gene=TRIM46, entrez=80128, pos=chr1:155145421-155157447(+), B=72, L=81, M=86, H=138
10896 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305