DMR 12420 chr2:241728501-241728750 (250bp)

DMR Stats
Positionchr2:241728501-241728750 (View on UCSC)
Width250bp
Genomic Contextexon
Nearest GenesKIF1A (0bp away)
ANODEV p-value0.000139487055709
FrequenciesBenign: 6.0 (85.71%), Low: 2.0 (33.33%), High: 8.0 (88.89 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
12420 KIF1A 17832 uc002vzz.2 chr2 241662830 241759725 - 250 100.0 5.96 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (8.8), E3 (30.8), I3 (60.8), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0), I32 (0), E33 (0), I33 (0), E34 (0), I34 (0), E35 (0), I35 (0), E36 (0), I36 (0), E37 (0), I37 (0), E38 (0), I38 (0), E39 (0), I39 (0), E40 (0), I40 (0), E41 (0), I41 (0), E42 (0), I42 (0), E43 (0) 0.0
12420 KIF1A 17832 uc010fzk.3 chr2 241653181 241759725 - 250 100.0 4.47 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (8.8), E3 (30.8), I3 (60.8), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0), I32 (0), E33 (0), I33 (0), E34 (0), I34 (0), E35 (0), I35 (0), E36 (0), I36 (0), E37 (0), I37 (0), E38 (0), I38 (0), E39 (0), I39 (0), E40 (0), I40 (0), E41 (0), I41 (0), E42 (0), I42 (0), E43 (0), I43 (0), E44 (0), I44 (0), E45 (0), I45 (0), E46 (0), I46 (0), E47 (0), I47 (0), E48 (0), I48 (0), E49 (0) 0.0
12420 KIF1A 17832 uc031rsb.1 chr2 241653181 241737229 - 250 100.0 5.96 0 0.0 E1 (0), I1 (8.8), E2 (30.8), I2 (60.8), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0), I32 (0), E33 (0), I33 (0), E34 (0), I34 (0), E35 (0), I35 (0), E36 (0), I36 (0), E37 (0), I37 (0), E38 (0), I38 (0), E39 (0), I39 (0), E40 (0), I40 (0), E41 (0), I41 (0), E42 (0), I42 (0), E43 (0), I43 (0), E44 (0), I44 (0), E45 (0), I45 (0), E46 (0) 0.0
  • 3 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
12420 chr2 241728664 241728672 tfbsConsSites V$HOXA3_01 score:933, zScore:1.95, srow:3026895
12420 chr2 241728706 241728719 tfbsConsSites V$RREB1_01 score:886, zScore:2.93, srow:3026896
12420 chr2 241728710 241728718 tfbsConsSites V$AREB6_04 score:964, zScore:1.92, srow:3026897
12420 chr2 241728720 241728729 tfbsConsSites V$SOX5_01 score:926, zScore:1.77, srow:3026898
12420 chr2 241728666 241728666 cosmic COSM1326299 srow:735685
12420 chr2 241728648 241728661 phastConsElements100way lod=145 score:486, srow:5221704
12420 chr2 241728663 241728691 phastConsElements100way lod=400 score:587, srow:5221705
12420 chr2 241728693 241728697 phastConsElements100way lod=79 score:426, srow:5221706
12420 chr2 241728699 241728721 phastConsElements100way lod=253 score:541, srow:5221707
12420 chr2 241728723 241728723 phastConsElements100way lod=13 score:247, srow:5221708
12420 chr2 241728726 241728732 phastConsElements100way lod=89 score:438, srow:5221709
  • 11 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
12420 cellmeth_recounts PrEC: 15, LNCaP: 0, DU145: 0
12420 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=23, B=0, Length=380, Event=Down, log2FC=-Inf, padj=1.03838484522092e-06
12420 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=23, B=0, Length=380, Event=Down, log2FC=-Inf, padj=1.37590364676336e-06
12420 cellexp id=ENSG00000130294, name=KIF1A, PrEC=7, str=16, LNCaP=5688, str=4455, DU145=715, str=72
12420 tcgaexp gene=KIF1A, entrez=547, pos=chr2:241653181-241759725(-), B=3311, L=3723, M=3447, H=2561