DMR 12427 chr2:242008951-242009200 (250bp)

DMR Stats
Positionchr2:242008951-242009200 (View on UCSC)
Width250bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesSNED1 (0bp away)
ANODEV p-value2.03356799349e-09
FrequenciesBenign: 5.0 (71.43%), Low: 0.0 (0.0%), High: 8.0 (88.89 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
12427 SNED1 17837 uc002wah.1 chr2 241938255 242033643 + 250 100.0 0.05 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (100), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0) 0.0
12427 SNED1 17837 uc002wai.1 chr2 242002795 242026890 + 250 100.0 0.17 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (100), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
12427 SNED1 17837 uc002waj.1 chr2 242003429 242033643 + 250 100.0 0.17 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (100), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
12427 SNED1 17837 uc002wak.3 chr2 242004715 242013401 + 250 100.0 0.06 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (100), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0) 0.0
  • 4 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
12427 chr2 242007103 242009102 cpgShelf — values(x.gr)[overs$srow, ]:24407
  • 1 features

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
12427 cellmeth_recounts PrEC: 22, LNCaP: 5, DU145: 8
12427 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=33, B=4, Length=360, Event=Down, log2FC=-3.04, padj=1.88996219375202e-05
12427 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=33, B=6, Length=260, Event=Down, log2FC=-2.46, padj=0.000299553371467154
12427 cellexp id=ENSG00000162804, name=SNED1, PrEC=30, str=66, LNCaP=673, str=396, DU145=128, str=129
12427 tcgaexp gene=SNED1, entrez=25992, pos=chr2:241938255-242033643(+), B=1700, L=1441, M=1494, H=1529