DMR 12485 chr3:10354151-10354300 (150bp)

DMR Stats
Positionchr3:10354151-10354300 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Context3' end
Nearest GenesSEC13 (0bp away)
ANODEV p-value0.0108991382813
FrequenciesBenign: 5.0 (71.43%), Low: 1.0 (16.67%), High: 8.0 (88.89 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
12485 SEC13 19800 uc003bvl.3 chr3 10342615 10355656 - 150 100.0 0.05 0 0.0 E1 (25.33), I1 (74.67), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0) 0.0
12485 SEC13 19800 uc003bvm.3 chr3 10342615 10362725 - 150 100.0 0.05 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (25.33), I4 (74.67), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0) 0.0
12485 SEC13 19800 uc003bvn.3 chr3 10342615 10362858 - 150 100.0 0.05 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (25.33), I4 (74.67), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0) 0.0
12485 SEC13 19800 uc003bvo.3 chr3 10342615 10362858 - 150 100.0 0.05 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (25.33), I5 (74.67), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) 0.0
12485 SEC13 19800 uc003bvp.3 chr3 10342615 10362858 - 150 100.0 0.05 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (25.33), I5 (74.67), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) 0.0
12485 SEC13 19800 uc003bvr.1 chr3 10345238 10359778 - 150 100.0 0.06 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (25.33), I3 (74.67), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0) 0.0
12485 SEC13 19800 uc011aul.2 chr3 10353257 10362858 - 150 100.0 0.06 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (25.33), I4 (74.67), E5 (0) 70.67
  • 7 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
12485 chr3 10354263 10354277 tfbsConsSites V$BACH1_01 score:802, zScore:1.82, srow:3295684
12485 chr3 10354272 10354272 cosmic COSM1035911 srow:805321
12485 chr3 10354287 10354287 cosmic COSM445238 srow:805322
12485 chr3 10354260 10354275 phastConsElements100way lod=198 score:517, srow:5683660
12485 chr3 10354277 10354278 phastConsElements100way lod=29 score:327, srow:5683661
12485 chr3 10354280 10354287 phastConsElements100way lod=102 score:451, srow:5683662
12485 chr3 10354289 10354290 phastConsElements100way lod=32 score:337, srow:5683663
12485 chr3 10354292 10354335 phastConsElements100way lod=454 score:599, srow:5683664
  • 8 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
12485 cellmeth_recounts PrEC: 3, LNCaP: 3, DU145: 0
12485 cellexp id=ENSG00000157020, name=SEC13, PrEC=8384, str=8444, LNCaP=6213, str=5537, DU145=4156, str=4436
12485 tcgaexp gene=SEC13, entrez=6396, pos=chr3:10342615-10362858(-), B=5780, L=6485, M=6214, H=6273