DMR 12651 chr3:48668351-48668550 (200bp)

DMR Stats
Positionchr3:48668351-48668550 (View on UCSC)
Width200bp
Genomic Contextexon
Nearest GenesCELSR3, SLC26A6 (0bp away)
ANODEV p-value0.000269010404321
FrequenciesBenign: 5.0 (71.43%), Low: 2.0 (33.33%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
12651 CELSR3 20130 uc003cuf.1 chr3 48662831 48709981 - 200 100.0 0.54 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0), I32 (0), E33 (0), I33 (0), E34 (0), I34 (0), E35 (0), I35 (0), E36 (0), I36 (0), E37 (0), I37 (0), E38 (0), I38 (0), E39 (0), I39 (0), E40 (0), I40 (0), E41 (0), I41 (0), E42 (0), I42 (0), E43 (0), I43 (0), E44 (0), I44 (0), E45 (62.5), I45 (37.5), E46 (0), I46 (0), E47 (0), I47 (0), E48 (0), I48 (0), E49 (0), I49 (0), E50 (0), I50 (0), E51 (0), I51 (0), E52 (0), I52 (0), E53 (0), I53 (0), E54 (0), I54 (0), E55 (0), I55 (0), E56 (0) 0.0
12651 SLC26A6 20130 uc003cug.3 chr3 48663156 48671279 - 200 100.0 0.28 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (62.5), I8 (37.5), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0) 0.0
12651 SLC26A6 20130 uc003cuh.3 chr3 48663156 48672926 - 200 100.0 0.56 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (62.5), I9 (37.5), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0) 0.0
12651 SLC26A6 20130 uc003cui.3 chr3 48663156 48672926 - 200 100.0 0.46 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (62.5), I9 (37.5), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0) 0.0
12651 SLC26A6 20130 uc003cuj.3 chr3 48663156 48672926 - 200 100.0 0.28 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (62.5), I9 (37.5), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0) 0.0
12651 SLC26A6 20130 uc003cuk.3 chr3 48663156 48672926 - 200 100.0 0.28 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (62.5), I7 (37.5), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0) 0.0
12651 SLC26A6 20130 uc010hke.3 chr3 48663156 48672926 - 200 100.0 0.28 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (62.5), I9 (37.5), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0) 0.0
12651 SLC26A6 20130 uc011bbp.2 chr3 48663156 48672926 - 200 100.0 0.29 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (62.5), I8 (37.5), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0) 0.0
  • 8 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
12651 chr3 48668306 48668570 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 2 score:333, srow:805232
12651 chr3 48668447 48668461 tfbsConsSites V$BACH1_01 score:831, zScore:2.31, srow:3353503
12651 chr3 48668542 48668559 tfbsConsSites V$AHR_01 score:782, zScore:1.97, srow:3353504
12651 chr3 48668544 48668557 tfbsConsSites V$FAC1_01 score:851, zScore:2.01, srow:3353505
12651 chr3 48668461 48668461 cosmic COSM1226173 srow:821507
12651 chr3 48668471 48668471 cosmic COSM164379 srow:821508
12651 chr3 48668549 48668549 cosmic COSM1423800 srow:821509
12651 chr3 48668424 48668440 phastConsElements100way lod=248 score:539, srow:5809412
12651 chr3 48668442 48668449 phastConsElements100way lod=102 score:451, srow:5809413
12651 chr3 48668451 48668476 phastConsElements100way lod=237 score:535, srow:5809414
12651 chr3 48668478 48668485 phastConsElements100way lod=116 score:464, srow:5809415
12651 chr3 48668487 48668494 phastConsElements100way lod=79 score:426, srow:5809416
12651 chr3 48668496 48668497 phastConsElements100way lod=25 score:312, srow:5809417
12651 chr3 48668499 48668502 phastConsElements100way lod=45 score:370, srow:5809418
12651 chr3 48668505 48668506 phastConsElements100way lod=34 score:343, srow:5809419
12651 chr3 48668508 48668521 phastConsElements100way lod=135 score:479, srow:5809420
12651 chr3 48668523 48668526 phastConsElements100way lod=28 score:323, srow:5809421
12651 chr3 48668529 48668530 phastConsElements100way lod=17 score:274, srow:5809422
12651 chr3 48668538 48668542 phastConsElements100way lod=33 score:340, srow:5809423
12651 chr3 48668407 48670406 cpgShelf — values(x.gr)[overs$srow, ]:27949
  • 20 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
12651 cellmeth_recounts PrEC: 20, LNCaP: 13, DU145: 4
12651 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=66, B=9, Length=600, Event=Down, log2FC=-2.87, padj=2.41705808416343e-10
12651 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=68, B=7, Length=760, Event=Down, log2FC=-3.28, padj=5.00500209959378e-12
12651 cellexp id=ENSG00000225697, name=SLC26A6, PrEC=2888, str=4136, LNCaP=2163, str=1613, DU145=2017, str=1610
12651 tcgaexp gene=CELSR3, entrez=1951, pos=chr3:48662831-48709981(-), B=118, L=125, M=263, H=467
12651 tcgaexp gene=SLC26A6, entrez=65010, pos=chr3:48663156-48672926(-), B=545, L=1133, M=1175, H=1232