DMR 1386 chr2:219879601-219879750 (150bp)

DMR Stats
Positionchr2:219879601-219879750 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Context3' end
Nearest GenesCCDC108, LOC100129175 (0bp away)
ANODEV p-value0.0014806556815
FrequenciesBenign: 7.0 (100.0%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
1386 CCDC108 17616 uc002vjl.2 chr2 219867568 219906273 - 150 100.0 0.47 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (100), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0), I32 (0), E33 (0), I33 (0), E34 (0), I34 (0), E35 (0) 0.0
1386 LOC100129175 17615 uc031rrh.1 chr2 219866937 219880444 + 150 100.0 0.49 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (100) 100.0
  • 2 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
1386 cellmeth_recounts PrEC: 99, LNCaP: 9, DU145: 1
1386 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=421, B=18, Length=1000, Event=Down, log2FC=-4.55, padj=0
1386 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=421, B=15, Length=1000, Event=Down, log2FC=-4.81, padj=0
1386 cellexp id=ENSG00000181378, name=CCDC108, PrEC=3, str=18, LNCaP=53, str=17, DU145=8, str=2
1386 cellexp id=ENSG00000224090, name=AC097468.4, PrEC=0, str=0, LNCaP=12, str=1, DU145=1, str=1
1386 tcgaexp gene=CCDC108, entrez=255101, pos=chr2:219867568-219906273(-), B=35, L=83, M=151, H=116