DMR 140 chr1:17948301-17948450 (150bp)

DMR Stats
Positionchr1:17948301-17948450 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Contextexon
Nearest GenesARHGEF10L (0bp away)
ANODEV p-value0.0114934890682
FrequenciesBenign: 7.0 (100.0%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
140 ARHGEF10L 340 uc001ban.3 chr1 17866330 18024370 + 150 100.0 0.04 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (38.67), E11 (52), I11 (10), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0) 0.0
140 ARHGEF10L 340 uc001bao.3 chr1 17907048 18024370 + 150 100.0 0.04 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (38.67), E9 (52), I9 (10), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0) 0.0
140 ARHGEF10L 340 uc001bap.3 chr1 17907048 18024370 + 150 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (38.67), E9 (52), I9 (10), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0) 0.0
140 ARHGEF10L 340 uc001baq.3 chr1 17941583 18024370 + 150 100.0 0.05 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (38.67), E3 (52), I3 (10), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0) 0.0
140 ARHGEF10L 340 uc001bar.3 chr1 17944811 18024370 + 150 100.0 0.04 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (38.67), E3 (52), I3 (10), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0) 0.0
140 ARHGEF10L 340 uc009vpe.1 chr1 17866330 18016673 + 150 100.0 0.05 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (38.67), E10 (52), I10 (10), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0) 0.0
140 ARHGEF10L 340 uc010ocr.1 chr1 17914911 17966476 + 150 100.0 0.05 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (38.67), E7 (52), I7 (10), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
140 ARHGEF10L 340 uc010ocs.2 chr1 17944811 18024370 + 150 100.0 0.07 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (38.67), E3 (52), I3 (10), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0) 0.0
  • 8 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
140 chr1 17947981 17948375 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 6 score:209, srow:13936
140 chr1 17948358 17948358 cosmic COSM677861 srow:10734
140 chr1 17948358 17948358 cosmic COSM677860 srow:10735
140 chr1 17948359 17948359 cosmic COSM1317610 srow:10736
140 chr1 17948359 17948359 cosmic COSM1317611 srow:10737
140 chr1 17948398 17948398 cosmic COSM177748 srow:10738
140 chr1 17948398 17948398 cosmic COSM177747 srow:10739
140 chr1 17948410 17948410 cosmic COSM130457 srow:10740
140 chr1 17948356 17948363 phastConsElements100way lod=84 score:432, srow:68467
140 chr1 17948366 17948369 phastConsElements100way lod=29 score:327, srow:68468
140 chr1 17948371 17948387 phastConsElements100way lod=107 score:456, srow:68469
140 chr1 17948389 17948396 phastConsElements100way lod=57 score:394, srow:68470
140 chr1 17948398 17948414 phastConsElements100way lod=160 score:496, srow:68471
140 chr1 17948416 17948417 phastConsElements100way lod=19 score:285, srow:68472
140 chr1 17948420 17948429 phastConsElements100way lod=54 score:388, srow:68473
140 chr1 17948432 17948432 phastConsElements100way lod=14 score:255, srow:68474
140 chr1 17948434 17948439 phastConsElements100way lod=83 score:431, srow:68475
140 chr1 17947453 17949452 cpgShore — values(x.gr)[overs$srow, ]:950
  • 18 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
140 cellmeth_recounts PrEC: 36, LNCaP: 13, DU145: 3
140 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=54, B=10, Length=400, Event=Down, log2FC=-2.43, padj=5.34473462302564e-07
140 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=54, B=2, Length=400, Event=Down, log2FC=-4.75, padj=1.16594202823146e-12
140 cellexp id=ENSG00000074964, name=ARHGEF10L, PrEC=1027, str=1065, LNCaP=1080, str=382, DU145=720, str=517
140 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
140 tcgaexp gene=ARHGEF10L, entrez=55160, pos=chr1:17846827-18024370(+), B=2648, L=1934, M=1765, H=1752
140 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305