DMR 1478 chr2:239980601-239980750 (150bp)

DMR Stats
Positionchr2:239980601-239980750 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesHDAC4 (0bp away)
ANODEV p-value0.0426241702696
FrequenciesBenign: 0.0 (0.0%), Low: 4.0 (66.67%), High: 0.0 (0.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
1478 HDAC4 17807 uc002vyk.4 chr2 239969864 240322643 - 150 100.0 0.17 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (100), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0) 0.0
1478 HDAC4 17807 uc010fyy.3 chr2 239969864 240111773 - 150 100.0 0.17 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (100), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0) 0.0
  • 2 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
1478 chr2 239980566 239980770 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 15 score:632, srow:695679
  • 1 features

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
1478 cellmeth_recounts PrEC: 1, LNCaP: 3, DU145: 0
1478 cellexp id=ENSG00000068024, name=HDAC4, PrEC=765, str=570, LNCaP=803, str=661, DU145=1779, str=1296
1478 tcgaexp gene=HDAC4, entrez=9759, pos=chr2:239969864-240323346(-), B=1448, L=1412, M=1302, H=1292