DMR 1640 chr3:47721951-47722150 (200bp)

DMR Stats
Positionchr3:47721951-47722150 (View on UCSC)
Width200bp
Genomic Contextpromoter
Nearest GenesSMARCC1 (0bp away)
ANODEV p-value0.000755019939208
FrequenciesBenign: 0.0 (0.0%), Low: 5.0 (83.33%), High: 3.0 (33.33 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
1640 SMARCC1 20105 uc003crq.2 chr3 47627378 47823405 - 200 100.0 0.06 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (76.5), E15 (24), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0) 0.0
1640 SMARCC1 20105 uc011bbc.1 chr3 47627378 47721998 - 48 24.0 0.09 1 100.0 E1 (24), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0) 0.0
1640 SMARCC1 20105 uc011bbd.1 chr3 47627378 47823596 - 200 100.0 0.11 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (76.5), E15 (24), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0) 0.0
  • 3 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
1640 chr3 47721942 47721952 tfbsConsSites V$FOXO4_01 score:927, zScore:1.97, srow:3351269
1640 chr3 47721943 47721954 tfbsConsSites V$FOXD3_01 score:910, zScore:2.13, srow:3351270
1640 chr3 47721944 47721953 tfbsConsSites V$FOXO1_01 score:957, zScore:1.8, srow:3351272
1640 chr3 47721948 47721959 tfbsConsSites V$NFAT_Q6 score:922, zScore:1.69, srow:3351273
1640 chr3 47721994 47722006 tfbsConsSites V$IRF1_01 score:809, zScore:1.71, srow:3351274
1640 chr3 47721922 47721952 phastConsElements100way lod=399 score:586, srow:5804544
1640 chr3 47721954 47721967 phastConsElements100way lod=179 score:507, srow:5804545
1640 chr3 47721969 47721976 phastConsElements100way lod=110 score:459, srow:5804546
1640 chr3 47721978 47721979 phastConsElements100way lod=28 score:323, srow:5804547
1640 chr3 47721981 47721991 phastConsElements100way lod=106 score:455, srow:5804548
1640 chr3 47721993 47722001 phastConsElements100way lod=115 score:463, srow:5804549
  • 11 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
1640 cellmeth_recounts PrEC: 0, LNCaP: 1, DU145: 8
1640 cellexp id=ENSG00000173473, name=SMARCC1, PrEC=16355, str=11017, LNCaP=6847, str=9119, DU145=10197, str=10573
1640 tcgaexp gene=SMARCC1, entrez=6599, pos=chr3:47627378-47823596(-), B=8227, L=10884, M=10874, H=11315