DMR 174 chr1:26564651-26564800 (150bp)

DMR Stats
Positionchr1:26564651-26564800 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesCEP85 (0bp away)
ANODEV p-value0.0141780967419
FrequenciesBenign: 0.0 (0.0%), Low: 1.0 (16.67%), High: 0.0 (0.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
174 CEP85 480 uc001blr.3 chr1 26560693 26605298 + 150 100.0 0.04 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0) 0.0
174 CEP85 480 uc001bls.1 chr1 26560693 26605299 + 150 100.0 0.09 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0) 0.0
174 CEP85 480 uc010ofa.1 chr1 26560693 26605299 + 150 100.0 0.04 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
  • 3 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
174 chr1 26563029 26565028 cpgShelf — values(x.gr)[overs$srow, ]:968
  • 1 features

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
174 cellmeth_recounts PrEC: 1, LNCaP: 4, DU145: 6
174 cellexp id=ENSG00000130695, name=CEP85, PrEC=2177, str=1022, LNCaP=816, str=754, DU145=3024, str=3443
174 tcgaexp gene=CEP85, entrez=64793, pos=chr1:26560693-26605299(+), B=437, L=449, M=444, H=604
174 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305