DMR 19012 chr12:1920451-1920600 (150bp)

DMR Stats
Positionchr12:1920451-1920600 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Contextpromoter
Nearest GenesCACNA2D4 (0bp away)
ANODEV p-value0.020049912443
FrequenciesBenign: 5.0 (71.43%), Low: 2.0 (33.33%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
19012 CACNA2D4 5901 uc009zdr.2 chr12 1904834 1963210 - 150 100.0 0.26 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (100), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
19012 CACNA2D4 5901 uc009zds.2 chr12 1904834 2027870 - 150 100.0 0.26 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (100), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0), I32 (0), E33 (0), I33 (0), E34 (0), I34 (0), E35 (0) 0.0
19012 CACNA2D4 5901 uc009zdt.1 chr12 1918545 2027870 - 150 100.0 1.12 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (100), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0) 0.0
19012 CACNA2D4 5901 uc021qsx.1 chr12 1901123 2027870 - 150 100.0 0.6 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (100), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0), I32 (0), E33 (0), I33 (0), E34 (0), I34 (0), E35 (0), I35 (0), E36 (0), I36 (0), E37 (0), I37 (0), E38 (0) 0.0
19012 CACNA2D4 5901 uc021qsy.1 chr12 1904834 1920889 - 150 100.0 0.26 0 100.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0) 0.0
19012 CACNA2D4 5901 uc021qsz.1 chr12 1904834 1920957 - 150 100.0 0.52 0 95.33 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0) 0.0
  • 6 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
19012 chr12 1920501 1920610 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 2 score:711, srow:250247
19012 chr12 1920375 1920670 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 HNF4A score:146, expCount:1, expNums:432, expScores:146, srow:860556
  • 2 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
19012 cellmeth_recounts PrEC: 13, LNCaP: 1, DU145: 4
19012 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=78, B=8, Length=760, Event=Down, log2FC=-3.29, padj=5.27225910576948e-14
19012 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=78, B=8, Length=720, Event=Down, log2FC=-3.29, padj=7.20014279297626e-14
19012 cellexp id=ENSG00000151062, name=CACNA2D4, PrEC=11, str=7, LNCaP=5, str=2, DU145=18, str=15
19012 tcgaexp gene=ZNF26, entrez=7574, pos=chr12:93510-133589154(+), B=419, L=392, M=412, H=512
19012 tcgaexp gene=ZNF84, entrez=7637, pos=chr12:42780-133639885(+), B=1626, L=1649, M=1716, H=2045
19012 tcgaexp gene=CACNA2D4, entrez=93589, pos=chr12:1901123-2027870(-), B=80, L=60, M=52, H=52