DMR 2039 chr3:197606651-197606950 (300bp)

DMR Stats
Positionchr3:197606651-197606950 (View on UCSC)
Width300bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesLRCH3 (0bp away)
ANODEV p-value1.45191039876e-06
FrequenciesBenign: 0.0 (0.0%), Low: 6.0 (100.0%), High: 1.0 (11.11 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
2039 LRCH3 21238 uc003fyk.2 chr3 197556435 197611043 + 300 100.0 0.59 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (100), E16 (0) 0.0
2039 LRCH3 21238 uc011bul.1 chr3 197518145 197611043 + 300 100.0 1.92 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (100), E21 (0), I21 (0), E22 (0) 0.0
2039 LRCH3 21238 uc011bum.1 chr3 197518145 197611043 + 300 100.0 4.01 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (100), E20 (0) 0.0
2039 LRCH3 21238 uc011bun.1 chr3 197518145 197611043 + 300 100.0 1.92 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (100), E18 (0) 0.0
  • 4 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
2039 chr3 197606526 197606815 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 18 score:322, srow:864024
2039 chr3 197606637 197606920 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 FOXA1 score:152, expCount:1, expNums:177, expScores:152, srow:2987604
2039 chr3 197606653 197606879 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 CEBPB score:265, expCount:2, expNums:172,426, expScores:109,265, srow:2987605
  • 3 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
2039 cellmeth_recounts PrEC: 0, LNCaP: 0, DU145: 10
2039 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=8, B=38, Length=360, Event=Up, log2FC=2.25, padj=0.000225622399544868
2039 cellexp id=ENSG00000186001, name=LRCH3, PrEC=2490, str=2963, LNCaP=1695, str=2034, DU145=3157, str=3050
2039 tcgaexp gene=LRCH3, entrez=84859, pos=chr3:197518145-197611043(+), B=1068, L=977, M=966, H=1075