DMR 21487 chr16:90029601-90029800 (200bp)

DMR Stats
Positionchr16:90029601-90029800 (View on UCSC)
Width200bp
Genomic Contextpromoter
Nearest GenesDEF8 (0bp away)
ANODEV p-value0.00622235055603
FrequenciesBenign: 6.0 (85.71%), Low: 1.0 (16.67%), High: 6.0 (66.67 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
21487 DEF8 11860 uc002fpn.2 chr16 90015139 90034468 + 200 100.0 0.01 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (85), E10 (15), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
21487 DEF8 11860 uc002fpo.2 chr16 90015139 90034468 + 200 100.0 0.04 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (85), E10 (15), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
21487 DEF8 11860 uc002fpp.2 chr16 90015139 90034468 + 200 100.0 0.04 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (85), E10 (15), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
21487 DEF8 11860 uc010vpq.2 chr16 90015139 90034468 + 200 100.0 0.04 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (85), E9 (15), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
21487 DEF8 11860 uc010vpr.2 chr16 90015828 90034468 + 200 100.0 0.03 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (85), E9 (15), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
21487 DEF8 11860 uc021tmv.1 chr16 90015139 90034468 + 200 100.0 0.03 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (85), E11 (15), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0) 0.0
  • 6 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
21487 chr16 90029206 90030635 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 24 score:499, srow:470775
21487 chr16 90029780 90029795 tfbsConsSites V$GRE_C score:815, zScore:1.8, srow:2056122
21487 chr16 90029768 90029802 phastConsElements100way lod=398 score:586, srow:3516845
21487 chr16 90028510 90030509 cpgShore — values(x.gr)[overs$srow, ]:17992
  • 4 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
21487 cellmeth_recounts PrEC: 38, LNCaP: 4, DU145: 5
21487 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=65, B=5, Length=420, Event=Down, log2FC=-3.7, padj=6.29629404746702e-13
21487 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=65, B=6, Length=420, Event=Down, log2FC=-3.44, padj=5.38531555025354e-12
21487 cellexp id=ENSG00000140995, name=DEF8, PrEC=3895, str=3716, LNCaP=3711, str=2176, DU145=4086, str=2960
21487 tcgaexp gene=DEF8, entrez=54849, pos=chr16:90015139-90034468(+), B=2268, L=2110, M=2027, H=1875