DMR 2190 chr4:23830801-23831000 (200bp)

DMR Stats
Positionchr4:23830801-23831000 (View on UCSC)
Width200bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesPPARGC1A (0bp away)
ANODEV p-value0.00872638657795
FrequenciesBenign: 1.0 (14.29%), Low: 6.0 (100.0%), High: 3.0 (33.33 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
2190 PPARGC1A 21474 uc003gqs.3 chr4 23793644 23891700 - 200 100.0 0.05 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (100), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
2190 PPARGC1A 21474 uc003gqt.3 chr4 23793644 23891700 - 200 100.0 0.05 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (100), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
2190 PPARGC1A 21474 uc010ier.1 chr4 23815313 23891700 - 200 100.0 0.05 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (100), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0) 0.0
2190 PPARGC1A 21474 uc011bxp.1 chr4 23815313 23883734 - 200 100.0 0.39 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (100), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0) 0.0
2190 PPARGC1A 21474 uc031sdx.1 chr4 23793644 24474394 - 200 100.0 0.41 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (100), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0) 0.0
2190 PPARGC1A 21474 uc031sdy.1 chr4 23793644 24474394 - 200 100.0 0.25 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (100), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0) 0.0
2190 PPARGC1A 21474 uc031sdz.1 chr4 23793644 24474394 - 200 100.0 0.59 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (100), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0) 0.0
2190 PPARGC1A 21474 uc031sea.1 chr4 23793644 24474394 - 200 100.0 0.59 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (100), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0) 0.0
2190 PPARGC1A 21474 uc031seb.1 chr4 23793644 24474394 - 200 100.0 0.07 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (100), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0) 0.0
  • 9 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
2190 chr4 23830831 23830839 tfbsConsSites V$PBX1_01 score:925, zScore:2.02, srow:3720821
2190 chr4 23830942 23830943 phastConsElements100way lod=16 score:268, srow:6412597
  • 2 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
2190 cellmeth_recounts PrEC: 1, LNCaP: 0, DU145: 0
2190 cellexp id=ENSG00000109819, name=PPARGC1A, PrEC=3, str=27, LNCaP=12, str=20, DU145=0, str=1
2190 tcgaexp gene=UGT2B10, entrez=7365, pos=chr4:393964-69886113(+), B=12, L=1, M=2, H=8
2190 tcgaexp gene=PPARGC1A, entrez=10891, pos=chr4:23793644-24474394(-), B=853, L=309, M=293, H=170
2190 tcgaexp gene=UGT2A3, entrez=79799, pos=chr4:506428-69817509(-), B=1, L=0, M=1, H=1
2190 tcgaexp gene=YTHDC1, entrez=91746, pos=chr4:6027-69215824(-), B=4512, L=3976, M=4109, H=4458
2190 tcgaexp gene=DUX4L5, entrez=653545, pos=chr4:72836-191010142(+), B=0, L=0, M=0, H=0