DMR 225 chr1:38431051-38431250 (200bp)

DMR Stats
Positionchr1:38431051-38431250 (View on UCSC)
Width200bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesSF3A3 (0bp away)
ANODEV p-value0.0319789621847
FrequenciesBenign: 0.0 (0.0%), Low: 1.0 (16.67%), High: 0.0 (0.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
225 SF3A3 680 uc001cci.3 chr1 38422652 38455761 - 200 100.0 0.72 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (100), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
225 SF3A3 680 uc010oik.2 chr1 38422652 38455761 - 200 100.0 0.18 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (100), E14 (0), I14 (0), E15 (0) 0.0
  • 2 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
225 chr1 38431006 38431250 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 4 score:330, srow:30611
  • 1 features

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
225 cellmeth_recounts PrEC: 0, LNCaP: 4, DU145: 3
225 cellexp id=ENSG00000183431, name=SF3A3, PrEC=7060, str=3707, LNCaP=5122, str=5870, DU145=4557, str=5999
225 tcgaexp gene=SF3A3, entrez=10946, pos=chr1:38422652-38455761(-), B=4139, L=3918, M=3826, H=3768
225 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305