DMR 22686 chr19:874501-874700 (200bp)

DMR Stats
Positionchr19:874501-874700 (View on UCSC)
Width200bp
Genomic Contextpromoter
Nearest GenesMED16 (0bp away)
ANODEV p-value0.000338497620244
FrequenciesBenign: 5.0 (71.43%), Low: 1.0 (16.67%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
22686 MED16 14123 uc002lqd.1 chr19 867962 893218 - 200 100.0 34.64 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (100), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0) 0.0
22686 MED16 14123 uc002lqe.3 chr19 867963 893218 - 200 100.0 5.58 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (100), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0) 0.0
22686 MED16 14123 uc002lqf.3 chr19 867963 893218 - 200 100.0 0.97 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (100), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0) 0.0
22686 MED16 14123 uc010drw.2 chr19 867963 886201 - 200 100.0 0.48 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (100), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) 0.0
22686 MED16 14123 uc010xfv.1 chr19 873449 891148 - 200 100.0 0.48 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0) 0.0
22686 MED16 14123 uc010xfw.1 chr19 873449 891149 - 200 100.0 13.98 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (100), E9 (0) 0.0
22686 MED16 14123 uc010xfx.1 chr19 873449 891149 - 200 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (100), E9 (0) 0.0
22686 MED16 14123 uc010xfy.1 chr19 873449 891149 - 200 100.0 0.06 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (100), E5 (0) 0.0
  • 8 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
22686 chr19 874361 874510 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 2 score:176, srow:556210
22686 chr19 871319 875214 cpgShore — values(x.gr)[overs$srow, ]:22092
  • 2 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
22686 cellmeth_recounts PrEC: 25, LNCaP: 42, DU145: 31
22686 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=34, B=8, Length=200, Event=Down, log2FC=-2.09, padj=0.00134261506706129
22686 cellexp id=ENSG00000175221, name=MED16, PrEC=3017, str=1164, LNCaP=6394, str=3814, DU145=3404, str=2289
22686 tcgaexp gene=MED16, entrez=10025, pos=chr19:867962-893218(-), B=3686, L=4903, M=4563, H=3844