DMR 24921 chr1:3620001-3620150 (150bp)

DMR Stats
Positionchr1:3620001-3620150 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesTP73 (0bp away)
ANODEV p-value0.00655381912248
FrequenciesBenign: 1.0 (14.29%), Low: 6.0 (100.0%), High: 7.0 (77.78 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
24921 TP73 124 uc001akp.3 chr1 3569129 3652765 + 150 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (100), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0) 0.0
24921 TP73 124 uc001akr.3 chr1 3607236 3652765 + 150 100.0 0.11 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
24921 TP73 124 uc001aks.3 chr1 3607236 3652765 + 150 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) 0.0
24921 TP73 124 uc009vlk.2 chr1 3607236 3652765 + 150 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) 0.0
24921 TP73 124 uc009vll.3 chr1 3614610 3625098 + 150 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0) 0.0
24921 TP73 124 uc010nzj.2 chr1 3607236 3646315 + 150 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0) 0.0
24921 TP73 124 uc010nzk.2 chr1 3614610 3652765 + 150 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
24921 TP73 124 uc021ofb.1 chr1 3569129 3652765 + 150 100.0 0.06 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (100), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) 0.0
24921 TP73 124 uc021ofc.1 chr1 3569129 3652765 + 150 100.0 0.11 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (100), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
24921 TP73 124 uc021ofd.1 chr1 3569129 3652765 + 150 100.0 0.06 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (100), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
24921 TP73 124 uc021ofe.1 chr1 3569129 3652765 + 150 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (100), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
24921 TP73 124 uc021off.1 chr1 3569129 3652765 + 150 100.0 0.06 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (100), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
24921 TP73 124 uc021ofg.1 chr1 3607236 3652765 + 150 100.0 0.06 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) 0.0
24921 TP73 124 uc021ofh.1 chr1 3607236 3652765 + 150 100.0 0.13 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) 0.0
24921 TP73 124 uc021ofi.1 chr1 3607236 3652765 + 150 100.0 0.1 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0) 0.0
  • 15 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
24921 chr1 3620006 3620275 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 49 score:1000, srow:2896
24921 chr1 3619920 3620389 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 GATA3 score:761, expCount:2, expNums:272,571, expScores:761,272, srow:10273
24921 chr1 3619925 3620334 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 GATA2 score:747, expCount:1, expNums:586, expScores:747, srow:10274
24921 chr1 3619961 3620616 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 E2F1 score:739, expCount:1, expNums:572, expScores:314, srow:10275
24921 chr1 3620001 3620310 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 MYC score:158, expCount:1, expNums:560, expScores:158, srow:10276
24921 chr1 3620024 3620278 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 FOS score:342, expCount:3, expNums:556,557,558, expScores:342,181,210, srow:10277
24921 chr1 3620146 3620156 tfbsConsSites V$AP1_Q4 score:914, zScore:1.99, srow:6856
24921 chr1 3620116 3620125 phastConsElements100way lod=29 score:327, srow:15931
24921 chr1 3620148 3620164 phastConsElements100way lod=42 score:363, srow:15932
24921 chr1 3619319 3621318 cpgShelf — values(x.gr)[overs$srow, ]:299
  • 10 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
24921 cellmeth_recounts PrEC: 0, LNCaP: 3, DU145: 4
24921 cellexp id=ENSG00000078900, name=TP73, PrEC=67, str=27, LNCaP=532, str=348, DU145=65, str=27
24921 tcgaexp gene=TP73, entrez=7161, pos=chr1:3569129-3652765(+), B=296, L=155, M=180, H=163
24921 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
24921 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305