DMR Stats
Positionchr1:6532501-6532650 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Contextpromoter
Nearest GenesPLEKHG5 (0bp away)
ANODEV p-value0.0161115759574
FrequenciesBenign: 1.0 (14.29%), Low: 5.0 (83.33%), High: 8.0 (88.89 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
24946 PLEKHG5 154 uc001ank.1 chr1 6526152 6546014 - 150 100.0 0.2 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (42.67), I10 (57.33), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0) 0.0
24946 PLEKHG5 154 uc001anl.2 chr1 6526152 6550654 - 150 100.0 0.15 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (42.67), I10 (57.33), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0) 0.0
24946 PLEKHG5 154 uc001anm.2 chr1 6526152 6551761 - 150 100.0 0.49 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (42.67), I10 (57.33), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0) 0.0
24946 PLEKHG5 154 uc001ann.1 chr1 6526152 6556756 - 150 100.0 0.15 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (42.67), I10 (57.33), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0) 0.0
24946 PLEKHG5 154 uc001ano.1 chr1 6526152 6557484 - 150 100.0 0.2 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (42.67), I11 (57.33), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0) 0.0
24946 PLEKHG5 154 uc001anp.2 chr1 6526152 6580121 - 150 100.0 0.27 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (42.67), I11 (57.33), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0) 0.0
24946 PLEKHG5 154 uc001anq.2 chr1 6526152 6580121 - 150 100.0 0.2 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (42.67), I11 (57.33), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0) 0.0
24946 PLEKHG5 154 uc009vma.1 chr1 6526152 6537718 - 150 100.0 0.68 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (42.67), I8 (57.33), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0) 0.0
24946 PLEKHG5 154 uc009vmb.2 chr1 6526152 6550654 - 150 100.0 0.2 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (42.67), I10 (57.33), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0) 0.0
24946 PLEKHG5 154 uc010nzr.1 chr1 6526152 6545529 - 150 100.0 0.34 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (42.67), I10 (57.33), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0) 0.0
24946 PLEKHG5 154 uc031plb.1 chr1 6526152 6557156 - 150 100.0 0.34 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (42.67), I11 (57.33), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0) 0.0
  • 11 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
24946 chr1 6532546 6532735 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 12 score:544, srow:5099
24946 chr1 6531937 6532907 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 ZNF263 score:292, expCount:1, expNums:368, expScores:249, srow:14346
24946 chr1 6532420 6532823 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 ZBTB7A score:183, expCount:1, expNums:247, expScores:183, srow:14352
24946 chr1 6532448 6533070 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 CTCF score:1000, expCount:86, expNums:0,2,5,9,12,14,16,18,20,24,35,37,39,42,44,137,174,213,262,463,493,595,597,598,601,603,604,605,606,607,609,612,615,618,621,627,628,629,630,631,635,636,638,639,640,641,642,643,644,646,647,648,650,651,652,653,654,655,656,657,658,659,660,661,662,663,664,665,666,667,669,671,672,673,674,675,676,677,679,680,681,683,685,686,687,688, expScores:445,337,742,559,291,161,208,253,368,153,182,270,395,182,317,580,365,1000,134,135,1000,698,485,766,438,802,506,338,143,195,604,551,145,127,1000,703,1000,972,921,934,637,353,202,328,177,118,297,166,140,267,148,396,429,282,396,449,346,294,171,339,349,480,241,323,409,791,525,551,625,327,305,357,191,618,223,391,345,283,1000,330,122,488,374,431,285,439, srow:14353
24946 chr1 6532465 6532864 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 NR2F2 score:278, expCount:1, expNums:225, expScores:278, srow:14354
24946 chr1 6532480 6532849 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 MAZ score:306, expCount:1, expNums:512, expScores:306, srow:14355
24946 chr1 6532497 6532800 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 ZNF143 score:389, expCount:2, expNums:361,552, expScores:165,389, srow:14356
24946 chr1 6532505 6532780 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 ELF1 score:175, expCount:1, expNums:217, expScores:175, srow:14357
24946 chr1 6532508 6532817 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 BHLHE40 score:244, expCount:1, expNums:472, expScores:244, srow:14358
24946 chr1 6532518 6532787 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 SMC3 score:137, expCount:1, expNums:535, expScores:137, srow:14359
24946 chr1 6532533 6532777 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 RAD21 score:365, expCount:3, expNums:149,193,231, expScores:365,243,303, srow:14360
24946 chr1 6532566 6532735 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 CTCFL score:159, expCount:1, expNums:214, expScores:159, srow:14361
24946 chr1 6532594 6532741 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 MAX score:330, expCount:1, expNums:223, expScores:330, srow:14362
24946 chr1 6532596 6532596 cosmic COSM464866 srow:3465
24946 chr1 6532598 6532598 cosmic COSM1242672 srow:3466
24946 chr1 6532581 6532586 phastConsElements100way lod=54 score:388, srow:23113
24946 chr1 6532588 6532589 phastConsElements100way lod=20 score:290, srow:23114
24946 chr1 6532591 6532598 phastConsElements100way lod=98 score:447, srow:23115
24946 chr1 6532603 6532604 phastConsElements100way lod=30 score:330, srow:23116
24946 chr1 6532606 6532625 phastConsElements100way lod=162 score:497, srow:23117
24946 chr1 6532627 6532646 phastConsElements100way lod=174 score:504, srow:23118
24946 chr1 6532648 6532673 phastConsElements100way lod=232 score:533, srow:23119
24946 chr1 6531815 6533814 cpgShore values(x.gr)[overs$srow, ]:562
  • 23 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
24946 cellmeth_recounts PrEC: 37, LNCaP: 9, DU145: 1
24946 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=58, B=9, Length=400, Event=Down, log2FC=-2.69, padj=1.93243027885066e-08
24946 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=58, B=5, Length=420, Event=Down, log2FC=-3.54, padj=5.95344116460271e-11
24946 cellexp id=ENSG00000171680, name=PLEKHG5, PrEC=8475, str=15023, LNCaP=462, str=243, DU145=1090, str=799
24946 tcgameth site:cg07820280, B=0.83, L=0.83, H=0.83
24946 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
24946 tcgaexp gene=PLEKHG5, entrez=57449, pos=chr1:6526152-6580121(-), B=770, L=489, M=431, H=428
24946 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305