DMR 24948 chr1:6552151-6552300 (150bp)

DMR Stats
Positionchr1:6552151-6552300 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Contextpromoter
Nearest GenesPLEKHG5 (0bp away)
ANODEV p-value0.000270692349327
FrequenciesBenign: 0.0 (0.0%), Low: 4.0 (66.67%), High: 6.0 (66.67 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
24948 PLEKHG5 154 uc001ann.1 chr1 6526152 6556756 - 150 100.0 0.51 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0) 0.0
24948 PLEKHG5 154 uc001ano.1 chr1 6526152 6557484 - 150 100.0 0.3 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0) 0.0
24948 PLEKHG5 154 uc001anp.2 chr1 6526152 6580121 - 150 100.0 0.3 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0) 0.0
24948 PLEKHG5 154 uc001anq.2 chr1 6526152 6580121 - 150 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0) 0.0
24948 PLEKHG5 154 uc031plb.1 chr1 6526152 6557156 - 150 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0) 0.0
  • 5 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
24948 chr1 6551981 6552335 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 6 score:457, srow:5120
24948 chr1 6551116 6553115 cpgShore — values(x.gr)[overs$srow, ]:566
  • 2 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
24948 cellmeth_recounts PrEC: 0, LNCaP: 52, DU145: 0
24948 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=0, B=41, Length=420, Event=Up, log2FC=Inf, padj=4.91064203288715e-12
24948 cellmeth_diffreps_LNCaPvsDU145 A=43.83, B=0, Length=420, Event=Down, log2FC=-Inf, padj=3.05069851574778e-12
24948 cellexp id=ENSG00000171680, name=PLEKHG5, PrEC=8475, str=15023, LNCaP=462, str=243, DU145=1090, str=799
24948 tcgameth site:cg09805709, B=0.53, L=0.68, H=0.74
24948 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
24948 tcgaexp gene=PLEKHG5, entrez=57449, pos=chr1:6526152-6580121(-), B=770, L=489, M=431, H=428
24948 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305