DMR 25186 chr1:29610401-29610550 (150bp)

DMR Stats
Positionchr1:29610401-29610550 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Contextexon
Nearest GenesPTPRU (0bp away)
ANODEV p-value0.0108835775153
FrequenciesBenign: 2.0 (28.57%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
25186 PTPRU 551 uc001bru.3 chr1 29563028 29653325 + 150 100.0 0.21 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (34), E13 (24.67), I13 (42), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0) 0.0
25186 PTPRU 551 uc001brw.3 chr1 29563028 29653325 + 150 100.0 0.17 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (34), E13 (24.67), I13 (42), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0) 0.0
25186 PTPRU 551 uc009vtq.3 chr1 29563028 29653325 + 150 100.0 0.17 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (34), E13 (24.67), I13 (42), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0) 0.0
25186 PTPRU 551 uc009vtr.3 chr1 29563028 29653325 + 150 100.0 1.52 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (34), E13 (24.67), I13 (42), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0) 0.0
  • 4 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
25186 chr1 29610386 29610755 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 3 score:277, srow:23771
25186 chr1 29610472 29610492 tfbsConsSites V$STAT3_01 score:772, zScore:2.07, srow:64837
25186 chr1 29610475 29610489 tfbsConsSites V$STAT5B_01 score:846, zScore:1.79, srow:64838
25186 chr1 29610428 29610431 phastConsElements100way lod=18 score:280, srow:123525
25186 chr1 29610441 29610443 phastConsElements100way lod=16 score:268, srow:123526
25186 chr1 29610450 29610477 phastConsElements100way lod=262 score:545, srow:123527
25186 chr1 29610479 29610493 phastConsElements100way lod=192 score:514, srow:123528
  • 7 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
25186 cellmeth_recounts PrEC: 10, LNCaP: 1, DU145: 1
25186 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=15, B=0, Length=320, Event=Down, log2FC=-Inf, padj=0.000269565104641442
25186 cellexp id=ENSG00000060656, name=PTPRU, PrEC=6021, str=4109, LNCaP=3945, str=1962, DU145=1240, str=483
25186 tcgaexp gene=PTPRU, entrez=10076, pos=chr1:29563028-29653325(+), B=3541, L=2248, M=2360, H=1949
25186 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305