DMR 28 chr1:2992151-2992300 (150bp)

DMR Stats
Positionchr1:2992151-2992300 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesPRDM16 (0bp away)
ANODEV p-value0.0035646076295
FrequenciesBenign: 7.0 (100.0%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
28 PRDM16 117 uc001akc.3 chr1 2985742 3355185 + 150 100.0 4.68 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
28 PRDM16 117 uc001ake.3 chr1 2985742 3355185 + 150 100.0 0.41 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
28 PRDM16 117 uc001akf.3 chr1 2985742 3355185 + 150 100.0 4.68 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
28 PRDM16 117 uc009vlh.3 chr1 2985742 3355185 + 150 100.0 0.41 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
  • 4 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
28 chr1 2992138 2992159 tfbsConsSites V$MEF2_03 score:794, zScore:2.01, srow:5411
28 chr1 2992140 2992154 tfbsConsSites V$TATA_01 score:894, zScore:2.25, srow:5412
28 chr1 2992155 2992170 tfbsConsSites V$BRN2_01 score:837, zScore:2.41, srow:5413
28 chr1 2992176 2992186 tfbsConsSites V$POU6F1_01 score:877, zScore:2.32, srow:5414
28 chr1 2992180 2992187 tfbsConsSites V$TBP_01 score:993, zScore:2.04, srow:5415
28 chr1 2991794 2992205 phastConsElements100way lod=4384 score:824, srow:12767
28 chr1 2992209 2992212 phastConsElements100way lod=24 score:308, srow:12768
28 chr1 2992215 2992232 phastConsElements100way lod=80 score:427, srow:12769
28 chr1 2992241 2992242 phastConsElements100way lod=17 score:274, srow:12770
28 chr1 2990719 2992718 cpgShore — values(x.gr)[overs$srow, ]:383
  • 10 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
28 cellmeth_recounts PrEC: 146, LNCaP: 77, DU145: 5
28 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=407, B=95, Length=940, Event=Down, log2FC=-2.1, padj=0
28 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=407, B=12, Length=980, Event=Down, log2FC=-5.08, padj=0
28 cellmeth_diffreps_LNCaPvsDU145 A=73.76, B=5.61, Length=440, Event=Down, log2FC=-3.72, padj=0
28 cellexp id=ENSG00000142611, name=PRDM16, PrEC=8, str=18, LNCaP=18, str=10, DU145=49, str=42
28 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
28 tcgaexp gene=PRDM16, entrez=63976, pos=chr1:2985742-3355185(+), B=306, L=40, M=53, H=56
28 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305