DMR 29657 chr7:157475651-157475900 (250bp)

DMR Stats
Positionchr7:157475651-157475900 (View on UCSC)
Width250bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesPTPRN2 (0bp away)
ANODEV p-value1.03127428519e-09
FrequenciesBenign: 0.0 (0.0%), Low: 5.0 (83.33%), High: 8.0 (88.89 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
29657 PTPRN2 28063 uc003wno.3 chr7 157331750 158380482 - 250 100.0 0.32 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (100), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0) 0.0
29657 PTPRN2 28063 uc003wnp.3 chr7 157331750 158380482 - 250 100.0 0.3 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (100), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0) 0.0
29657 PTPRN2 28063 uc003wnq.3 chr7 157331750 158380482 - 250 100.0 0.19 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (100), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0) 0.0
29657 PTPRN2 28063 uc003wnr.3 chr7 157331750 158380482 - 250 100.0 0.11 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (100), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0) 0.0
29657 PTPRN2 28063 uc011kwa.2 chr7 157331750 158334468 - 250 100.0 0.3 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (100), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0) 0.0
  • 5 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
29657 chr7 157474887 157476886 cpgShore — values(x.gr)[overs$srow, ]:45556
  • 1 features

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
29657 cellmeth_recounts PrEC: 2, LNCaP: 121, DU145: 0
29657 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=13, B=4650, Length=4380, Event=Up, log2FC=8.48, padj=0
29657 cellmeth_diffreps_LNCaPvsDU145 A=4969.99, B=58, Length=4360, Event=Down, log2FC=-6.42, padj=0
29657 cellexp id=ENSG00000155093, name=PTPRN2, PrEC=16, str=39, LNCaP=272, str=164, DU145=22, str=15
29657 tcgameth site:cg03983213, B=0.39, L=0.67, H=0.63
29657 tcgameth site:cg18285788, B=0.37, L=0.66, H=0.62
29657 tcgaexp gene=PTPRN2, entrez=5799, pos=chr7:157331750-158380482(-), B=5916, L=12123, M=11229, H=8285