DMR 31055 chr10:73486801-73486950 (150bp)
| DMR Stats | |
|---|---|
| Position | chr10:73486801-73486950 (View on UCSC) |
| Width | 150bp |
| Genomic Context | intron |
| Nearest Genes | CDH23, C10orf105 (0bp away) |
| ANODEV p-value | 0.0376997312155 |
| Frequencies | Benign: 1.0 (14.29%), Low: 4.0 (66.67%), High: 7.0 (77.78 %) |
| Frequent? |
Region Count Boxplot
Region Overview
Gene Overlaps
| Dmrid | Gene Symbol | Gene Id | Isoform Id | Isoform Chr | Isoform Start | Isoform End | Isoform Strand | Overlap Bp | Query Overlap Per | Isoform Overlap Per | Noncoding | Promoter Per | Exonintron Per | End Per |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 31055 | CDH23 | 3376 | uc001jrx.4 | chr10 | 73156691 | 73575704 | + | 150 | 100.0 | 0.13 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (100), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0), I32 (0), E33 (0), I33 (0), E34 (0), I34 (0), E35 (0), I35 (0), E36 (0), I36 (0), E37 (0), I37 (0), E38 (0), I38 (0), E39 (0), I39 (0), E40 (0), I40 (0), E41 (0), I41 (0), E42 (0), I42 (0), E43 (0), I43 (0), E44 (0), I44 (0), E45 (0), I45 (0), E46 (0), I46 (0), E47 (0), I47 (0), E48 (0), I48 (0), E49 (0), I49 (0), E50 (0), I50 (0), E51 (0), I51 (0), E52 (0), I52 (0), E53 (0), I53 (0), E54 (0), I54 (0), E55 (0), I55 (0), E56 (0), I56 (0), E57 (0), I57 (0), E58 (0), I58 (0), E59 (0), I59 (0), E60 (0), I60 (0), E61 (0), I61 (0), E62 (0), I62 (0), E63 (0), I63 (0), E64 (0), I64 (0), E65 (0), I65 (0), E66 (0), I66 (0), E67 (0), I67 (0), E68 (0) | 0.0 |
| 31055 | CDH23 | 3376 | uc001jrz.3 | chr10 | 73156691 | 73492481 | + | 150 | 100.0 | 0.32 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (100), E30 (0), I30 (0), E31 (0) | 0.0 |
| 31055 | C10orf105 | 3377 | uc001jsb.2 | chr10 | 73471458 | 73497581 | - | 150 | 100.0 | 0.32 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (100), E2 (0) | 0.0 |
| 31055 | CDH23 | 3376 | uc001jsc.1 | chr10 | 73472361 | 73501793 | + | 150 | 100.0 | 0.33 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0) | 0.0 |
- 4 geness
Feature Overlaps
| Dmrid | Feature Chr | Feature Start | Feature End | Set | Name | Fields |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 31055 | chr10 | 73486461 | 73486855 | wgEncodeRegDnaseClusteredV2 | 13 | score:478, srow:150702 |
| 31055 | chr10 | 73486599 | 73487228 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | STAT5A | score:282, expCount:1, expNums:114, expScores:282, srow:535064 |
| 31055 | chr10 | 73486793 | 73487088 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | RCOR1 | score:243, expCount:1, expNums:492, expScores:243, srow:535065 |
| 31055 | chr10 | 73486828 | 73487166 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | ZNF143 | score:361, expCount:2, expNums:322,552, expScores:361,216, srow:535066 |
| 31055 | chr10 | 73486905 | 73488018 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | POLR2A | score:1000, expCount:12, expNums:104,105,130,131,306,307,328,330,332,334,336,340, expScores:381,1000,348,499,430,172,236,154,254,263,432,329, srow:535067 |
- 5 featuress
Omics Overlaps
| Dmrid | Omic Set | Data | Plot |
|---|---|---|---|
| 31055 | cellmeth_recounts | PrEC: 8, LNCaP: 0, DU145: 0 |  |
| 31055 | cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP | A=12, B=0, Length=320, Event=Down, log2FC=-Inf, padj=0.00157949948552458 |  |
| 31055 | cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 | A=12, B=0, Length=260, Event=Down, log2FC=-Inf, padj=0.00174045876043459 |  |
| 31055 | cellexp | id=ENSG00000107736, name=CDH23, PrEC=3, str=14, LNCaP=15, str=7, DU145=39, str=18 |  |
| 31055 | cellexp | id=ENSG00000214688, name=C10orf105, PrEC=0, str=0, LNCaP=0, str=1, DU145=0, str=0 |  |
| 31055 | tcgameth | site:cg13740185, B=0.67, L=0.72, H=0.71 |  |
| 31055 | tcgaexp | gene=DUX4, entrez=22947, pos=chr10:76142-191000255(+), B=0, L=0, M=0, H=0 |  |
| 31055 | tcgaexp | gene=CDH23, entrez=64072, pos=chr10:73156691-73575704(+), B=302, L=118, M=100, H=76 |  |
| 31055 | tcgaexp | gene=C10orf105, entrez=414152, pos=chr10:73471458-73497581(-), B=32, L=15, M=19, H=14 |  |