DMR Stats | |
---|---|
Position | chr1:3100551-3100700 (View on UCSC) |
Width | 150bp |
Genomic Context | intron |
Nearest Genes | PRDM16 (0bp away) |
ANODEV p-value | 0.00226764078647 |
Frequencies | Benign: 7.0 (100.0%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %) |
Frequent? |
Dmrid | Gene Symbol | Gene Id | Isoform Id | Isoform Chr | Isoform Start | Isoform End | Isoform Strand | Overlap Bp | Query Overlap Per | Isoform Overlap Per | Noncoding | Promoter Per | Exonintron Per | End Per |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
32 | PRDM16 | 117 | uc001akc.3 | chr1 | 2985742 | 3355185 | + | 150 | 100.0 | 7.06 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) | 0.0 |
32 | PRDM16 | 117 | uc001ake.3 | chr1 | 2985742 | 3355185 | + | 150 | 100.0 | 1.07 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) | 0.0 |
32 | PRDM16 | 117 | uc001akf.3 | chr1 | 2985742 | 3355185 | + | 150 | 100.0 | 1.78 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) | 0.0 |
32 | PRDM16 | 117 | uc009vlh.3 | chr1 | 2985742 | 3355185 | + | 150 | 100.0 | 0.75 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) | 0.0 |
Dmrid | Feature Chr | Feature Start | Feature End | Set | Name | Fields |
---|---|---|---|---|---|---|
32 | chr1 | 3100626 | 3100641 | tfbsConsSites | V$FREAC2_01 | score:853, zScore:2.44, srow:5884 |
32 | chr1 | 3100628 | 3100641 | tfbsConsSites | V$FOXO1_02 | score:844, zScore:2.37, srow:5885 |
32 | chr1 | 3100628 | 3100641 | tfbsConsSites | V$FOXO3_01 | score:860, zScore:2.3, srow:5886 |
32 | chr1 | 3100628 | 3100641 | tfbsConsSites | V$FOXO4_02 | score:860, zScore:2.45, srow:5887 |
32 | chr1 | 3100551 | 3100563 | phastConsElements100way | lod=21 | score:295, srow:13259 |
32 | chr1 | 3100575 | 3100578 | phastConsElements100way | lod=15 | score:262, srow:13260 |
32 | chr1 | 3100613 | 3100637 | phastConsElements100way | lod=72 | score:417, srow:13261 |
32 | chr1 | 3100692 | 3100698 | phastConsElements100way | lod=41 | score:361, srow:13262 |
32 | chr1 | 3100541 | 3102540 | cpgShore | — | values(x.gr)[overs$srow, ]:398 |
Dmrid | Omic Set | Data | Plot |
---|---|---|---|
32 | cellmeth_recounts | PrEC: 17, LNCaP: 0, DU145: 18 | |
32 | cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP | A=140, B=3, Length=980, Event=Down, log2FC=-5.54, padj=0 | |
32 | cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 | A=62, B=16, Length=360, Event=Down, log2FC=-1.95, padj=5.65432765474572e-06 | |
32 | cellmeth_diffreps_LNCaPvsDU145 | A=0, B=20.58, Length=380, Event=Up, log2FC=Inf, padj=2.22308718712968e-05 | |
32 | cellexp | id=ENSG00000142611, name=PRDM16, PrEC=8, str=18, LNCaP=18, str=10, DU145=49, str=42 | |
32 | tcgaexp | gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019 | |
32 | tcgaexp | gene=PRDM16, entrez=63976, pos=chr1:2985742-3355185(+), B=306, L=40, M=53, H=56 | |
32 | tcgaexp | gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305 |