DMR 36 chr1:3147701-3147900 (200bp)

DMR Stats
Positionchr1:3147701-3147900 (View on UCSC)
Width200bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesPRDM16 (0bp away)
ANODEV p-value0.00115276908657
FrequenciesBenign: 7.0 (100.0%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
36 PRDM16 117 uc001akc.3 chr1 2985742 3355185 + 200 100.0 1.51 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
36 PRDM16 117 uc001ake.3 chr1 2985742 3355185 + 200 100.0 1.51 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
36 PRDM16 117 uc001akf.3 chr1 2985742 3355185 + 200 100.0 1.51 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
36 PRDM16 117 uc009vlh.3 chr1 2985742 3355185 + 200 100.0 1.52 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
  • 4 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
36 chr1 3147846 3148081 cpgIsland CpG: 19 length:236, cpgNum:19, gcNum:149, perCpg:16.1, perGc:63.1, obsExp:0.81, srow:248
36 chr1 3145846 3147845 cpgShore — values(x.gr)[overs$srow, ]:403
  • 2 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
36 cellmeth_recounts PrEC: 112, LNCaP: 0, DU145: 12
36 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=297, B=1, Length=1100, Event=Down, log2FC=-8.21, padj=0
36 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=297, B=14, Length=1080, Event=Down, log2FC=-4.41, padj=0
36 cellexp id=ENSG00000142611, name=PRDM16, PrEC=8, str=18, LNCaP=18, str=10, DU145=49, str=42
36 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
36 tcgaexp gene=PRDM16, entrez=63976, pos=chr1:2985742-3355185(+), B=306, L=40, M=53, H=56
36 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305