DMR 36550 chr1:5944251-5944400 (150bp)

DMR Stats
Positionchr1:5944251-5944400 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesNPHP4 (0bp away)
ANODEV p-value0.000419512366932
FrequenciesBenign: 0.0 (0.0%), Low: 0.0 (0.0%), High: 6.0 (66.67 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
36550 NPHP4 140 uc001alq.2 chr1 5922870 6052533 - 150 100.0 0.05 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (100), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0) 0.0
36550 NPHP4 140 uc001als.2 chr1 5936014 6052533 - 150 100.0 0.05 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (100), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0) 0.0
36550 NPHP4 140 uc001alt.3 chr1 5937153 6052533 - 150 100.0 0.05 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (100), E15 (0), I15 (0), E16 (0) 0.0
36550 NPHP4 140 uc009vlt.2 chr1 5937153 6052533 - 150 100.0 0.05 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (100), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
  • 4 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
36550 chr1 5944253 5944265 tfbsConsSites V$IK3_01 score:860, zScore:1.87, srow:8820
36550 chr1 5944269 5944287 tfbsConsSites V$GR_Q6 score:864, zScore:2.4, srow:8821
  • 2 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
36550 cellmeth_recounts PrEC: 2, LNCaP: 3, DU145: 3
36550 cellexp id=ENSG00000131697, name=NPHP4, PrEC=1480, str=1194, LNCaP=1452, str=836, DU145=1085, str=983
36550 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
36550 tcgaexp gene=NPHP4, entrez=261734, pos=chr1:5922870-6052533(-), B=469, L=561, M=543, H=654
36550 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305
36550 pubmed gene=NPHP4, G=61, GP=0, GC=8, GM=2, GPM=0, GCM=1