DMR 37008 chr1:227167351-227167550 (200bp)

DMR Stats
Positionchr1:227167351-227167550 (View on UCSC)
Width200bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesADCK3 (0bp away)
ANODEV p-value0.00309483363932
FrequenciesBenign: 1.0 (14.29%), Low: 2.0 (33.33%), High: 8.0 (88.89 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
37008 ADCK3 2643 uc001hqm.1 chr1 227084589 227175246 + 200 100.0 0.35 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (100), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0) 0.0
37008 ADCK3 2643 uc001hqn.1 chr1 227127938 227175246 + 200 100.0 0.46 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (100), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0) 0.0
37008 ADCK3 2643 uc001hqo.1 chr1 227165105 227175246 + 200 100.0 0.35 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) 0.0
37008 ADCK3 2643 uc009xeq.1 chr1 227127938 227175246 + 200 100.0 0.35 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (100), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0) 0.0
37008 ADCK3 2643 uc010pvq.1 chr1 227127938 227175246 + 200 100.0 0.35 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
37008 ADCK3 2643 uc010pvr.1 chr1 227153372 227175246 + 200 100.0 0.09 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) 0.0
  • 6 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
37008 chr1 227167066 227167355 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 7 score:278, srow:108412
37008 chr1 227167446 227168495 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 26 score:434, srow:108413
37008 chr1 227167512 227167527 tfbsConsSites V$MEF2_01 score:842, zScore:3.43, srow:473918
37008 chr1 227167513 227167528 tfbsConsSites V$RSRFC4_01 score:826, zScore:2.15, srow:473919
37008 chr1 227167514 227167525 phastConsElements100way lod=25 score:312, srow:807137
37008 chr1 227166238 227168237 cpgShelf — values(x.gr)[overs$srow, ]:3628
  • 6 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
37008 cellmeth_recounts PrEC: 13, LNCaP: 10, DU145: 0
37008 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=22, B=0, Length=380, Event=Down, log2FC=-Inf, padj=2.6934033431747e-06
37008 cellexp id=ENSG00000163050, name=ADCK3, PrEC=389, str=304, LNCaP=8696, str=8679, DU145=830, str=653
37008 tcgaexp gene=ADCK3, entrez=56997, pos=chr1:227084589-227175246(+), B=4622, L=6253, M=5729, H=5109