DMR 38 chr1:3256451-3256700 (250bp)

DMR Stats
Positionchr1:3256451-3256700 (View on UCSC)
Width250bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesPRDM16 (0bp away)
ANODEV p-value0.0030050176675
FrequenciesBenign: 7.0 (100.0%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
38 PRDM16 117 uc001akc.3 chr1 2985742 3355185 + 250 100.0 1.29 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (100), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
38 PRDM16 117 uc001ake.3 chr1 2985742 3355185 + 250 100.0 1.84 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (100), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
38 PRDM16 117 uc001akf.3 chr1 2985742 3355185 + 250 100.0 1.84 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (100), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
38 PRDM16 117 uc009vlh.3 chr1 2985742 3355185 + 250 100.0 1.53 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (100), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
  • 4 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
38 cellmeth_recounts PrEC: 39, LNCaP: 5, DU145: 1
38 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=110, B=4, Length=820, Event=Down, log2FC=-4.78, padj=0
38 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=58, B=1, Length=420, Event=Down, log2FC=-5.86, padj=0
38 cellexp id=ENSG00000142611, name=PRDM16, PrEC=8, str=18, LNCaP=18, str=10, DU145=49, str=42
38 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
38 tcgaexp gene=PRDM16, entrez=63976, pos=chr1:2985742-3355185(+), B=306, L=40, M=53, H=56
38 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305