DMR 39417 chr9:131482201-131482350 (150bp)

DMR Stats
Positionchr9:131482201-131482350 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Context3' end
Nearest GenesPKN3 (0bp away)
ANODEV p-value0.000956050792368
FrequenciesBenign: 1.0 (14.29%), Low: 2.0 (33.33%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
39417 PKN3 30140 uc004bvw.3 chr9 131464802 131483199 + 150 100.0 0.1 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (64), I20 (36.67), E21 (0), I21 (0), E22 (0) 100.0
39417 PKN3 30140 uc010myh.3 chr9 131464802 131483199 + 150 100.0 0.1 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (64), I20 (36.67), E21 (0), I21 (0), E22 (0) 100.0
39417 PKN3 30140 uc022bom.1 chr9 131464802 131483199 + 150 100.0 0.1 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (64), I20 (36.67), E21 (0), I21 (0), E22 (0) 100.0
  • 3 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
39417 chr9 131482041 131482295 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 7 score:405, srow:1243246
39417 chr9 131482145 131482414 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 CTCF score:139, expCount:3, expNums:5,174,609, expScores:117,116,139, srow:4253319
39417 chr9 131482190 131482211 tfbsConsSites V$OLF1_01 score:818, zScore:2.07, srow:5508974
39417 chr9 131482216 131482230 tfbsConsSites V$TST1_01 score:833, zScore:1.66, srow:5508975
39417 chr9 131482244 131482258 tfbsConsSites V$TAXCREB_02 score:780, zScore:2.3, srow:5508976
39417 chr9 131482267 131482282 tfbsConsSites V$ARP1_01 score:823, zScore:2.36, srow:5508977
39417 chr9 131482201 131482208 phastConsElements100way lod=94 score:443, srow:9493717
39417 chr9 131482210 131482232 phastConsElements100way lod=268 score:547, srow:9493718
39417 chr9 131482234 131482238 phastConsElements100way lod=50 score:381, srow:9493719
39417 chr9 131482243 131482244 phastConsElements100way lod=33 score:340, srow:9493720
39417 chr9 131482246 131482247 phastConsElements100way lod=23 score:304, srow:9493721
39417 chr9 131482252 131482253 phastConsElements100way lod=17 score:274, srow:9493722
39417 chr9 131482255 131482256 phastConsElements100way lod=25 score:312, srow:9493723
39417 chr9 131482261 131482268 phastConsElements100way lod=66 score:408, srow:9493724
39417 chr9 131482285 131482298 phastConsElements100way lod=101 score:450, srow:9493725
39417 chr9 131482309 131482311 phastConsElements100way lod=15 score:262, srow:9493726
39417 chr9 131482216 131484215 cpgShelf — values(x.gr)[overs$srow, ]:41452
  • 17 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
39417 cellmeth_recounts PrEC: 11, LNCaP: 6, DU145: 8
39417 cellexp id=ENSG00000160447, name=PKN3, PrEC=980, str=69, LNCaP=289, str=232, DU145=1282, str=814
39417 tcgaexp gene=PKN3, entrez=29941, pos=chr9:131464802-131483199(+), B=341, L=242, M=263, H=319
39417 pubmed gene=PKN3, G=15, GP=5, GC=8, GM=0, GPM=0, GCM=0
39417 pubmed gene=ZDHHC12, G=1, GP=0, GC=0, GM=0, GPM=0, GCM=0