DMR 39488 chr9:136772251-136772400 (150bp)

DMR Stats
Positionchr9:136772251-136772400 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesVAV2 (0bp away)
ANODEV p-value0.0373357830294
FrequenciesBenign: 1.0 (14.29%), Low: 2.0 (33.33%), High: 6.0 (66.67 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
39488 VAV2 30245 uc004cer.3 chr9 136627016 136857446 - 150 100.0 0.17 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0) 0.0
39488 VAV2 30245 uc004ces.3 chr9 136627016 136857446 - 150 100.0 0.13 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0) 0.0
  • 2 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
39488 cellmeth_recounts PrEC: 4, LNCaP: 1, DU145: 9
39488 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=69, B=2, Length=600, Event=Down, log2FC=-5.11, padj=0
39488 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=67, B=6, Length=580, Event=Down, log2FC=-3.48, padj=1.6232800500383e-12
39488 cellexp id=ENSG00000160293, name=VAV2, PrEC=6384, str=7086, LNCaP=2937, str=2544, DU145=3511, str=3836
39488 tcgaexp gene=VAV2, entrez=7410, pos=chr9:136627016-136857446(-), B=1928, L=3025, M=3014, H=3552