DMR 40 chr1:3438551-3438700 (150bp)

DMR Stats
Positionchr1:3438551-3438700 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesMEGF6 (0bp away)
ANODEV p-value0.012189774093
FrequenciesBenign: 0.0 (0.0%), Low: 3.0 (50.0%), High: 3.0 (33.33 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
40 MEGF6 120 uc001akk.3 chr1 3404506 3448012 - 150 100.0 1.14 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0) 0.0
40 MEGF6 120 uc001akl.3 chr1 3404506 3528059 - 150 100.0 1.53 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (100), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0), I32 (0), E33 (0), I33 (0), E34 (0), I34 (0), E35 (0), I35 (0), E36 (0), I36 (0), E37 (0) 0.0
  • 2 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
40 chr1 3438251 3440250 cpgShelf — values(x.gr)[overs$srow, ]:281
  • 1 features

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
40 cellmeth_recounts PrEC: 11, LNCaP: 0, DU145: 1
40 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=37, B=2, Length=400, Event=Down, log2FC=-4.21, padj=4.52212701380725e-08
40 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=37, B=1, Length=420, Event=Down, log2FC=-5.21, padj=4.91555057723503e-09
40 cellexp id=ENSG00000162591, name=MEGF6, PrEC=207, str=606, LNCaP=365, str=127, DU145=1319, str=853
40 tcgaexp gene=MEGF6, entrez=1953, pos=chr1:3404506-3528059(-), B=2248, L=2404, M=2137, H=1929
40 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
40 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305