DMR 40138 chr12:1049401-1049600 (200bp)

DMR Stats
Positionchr12:1049401-1049600 (View on UCSC)
Width200bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesRAD52 (0bp away)
ANODEV p-value0.00257118268249
FrequenciesBenign: 0.0 (0.0%), Low: 1.0 (16.67%), High: 8.0 (88.89 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
40138 RAD52 5893 uc001qis.1 chr12 1021255 1058863 - 200 100.0 0.63 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
40138 RAD52 5893 uc001qit.2 chr12 1021255 1058863 - 200 100.0 0.63 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0) 0.0
40138 RAD52 5893 uc001qiu.1 chr12 1021255 1099219 - 200 100.0 0.58 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
40138 RAD52 5893 uc001qiv.1 chr12 1023060 1058831 - 200 100.0 0.58 1 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
40138 RAD52 5893 uc001qiw.2 chr12 1023060 1058863 - 200 100.0 0.75 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) 0.0
40138 RAD52 5893 uc010sdt.1 chr12 1021255 1058863 - 200 100.0 0.63 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) 0.0
40138 RAD52 5893 uc010sdu.1 chr12 1025372 1058863 - 200 100.0 0.63 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0) 0.0
  • 7 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
40138 chr12 1049319 1049588 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 CTCF score:108, expCount:1, expNums:5, expScores:108, srow:858527
40138 chr12 1049371 1049610 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 RAD21 score:219, expCount:1, expNums:149, expScores:219, srow:858528
  • 2 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
40138 cellmeth_recounts PrEC: 2, LNCaP: 4, DU145: 13
40138 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=0, B=11, Length=240, Event=Up, log2FC=Inf, padj=0.00313959514768542
40138 cellexp id=ENSG00000002016, name=RAD52, PrEC=546, str=515, LNCaP=694, str=479, DU145=329, str=345
40138 tcgaexp gene=RAD52, entrez=5893, pos=chr12:1021255-1099219(-), B=327, L=309, M=300, H=302
40138 tcgaexp gene=ZNF26, entrez=7574, pos=chr12:93510-133589154(+), B=419, L=392, M=412, H=512
40138 tcgaexp gene=ZNF84, entrez=7637, pos=chr12:42780-133639885(+), B=1626, L=1649, M=1716, H=2045