DMR 40295 chr12:109704001-109704300 (300bp)
| DMR Stats | |
|---|---|
| Position | chr12:109704001-109704300 (View on UCSC) |
| Width | 300bp |
| Genomic Context | exon |
| Nearest Genes | ACACB (0bp away) |
| ANODEV p-value | 0.00162751518931 |
| Frequencies | Benign: 2.0 (28.57%), Low: 0.0 (0.0%), High: 7.0 (77.78 %) |
| Frequent? |
Region Count Boxplot
Region Overview
Gene Overlaps
| Dmrid | Gene Symbol | Gene Id | Isoform Id | Isoform Chr | Isoform Start | Isoform End | Isoform Strand | Overlap Bp | Query Overlap Per | Isoform Overlap Per | Noncoding | Promoter Per | Exonintron Per | End Per |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 40295 | ACACB | 6994 | uc001tob.3 | chr12 | 109554400 | 109706030 | + | 300 | 100.0 | 0.71 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0), I32 (0), E33 (0), I33 (0), E34 (0), I34 (0), E35 (0), I35 (0), E36 (0), I36 (0), E37 (0), I37 (0), E38 (0), I38 (0), E39 (0), I39 (0), E40 (0), I40 (0), E41 (0), I41 (0), E42 (0), I42 (0), E43 (0), I43 (0), E44 (0), I44 (0), E45 (0), I45 (0), E46 (0), I46 (0), E47 (0), I47 (0), E48 (0), I48 (0), E49 (0), I49 (0), E50 (0), I50 (0), E51 (0), I51 (0), E52 (0), I52 (13.33), E53 (86.67) | 0.0 |
| 40295 | ACACB | 6994 | uc001toc.3 | chr12 | 109577202 | 109706030 | + | 300 | 100.0 | 0.71 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0), I32 (0), E33 (0), I33 (0), E34 (0), I34 (0), E35 (0), I35 (0), E36 (0), I36 (0), E37 (0), I37 (0), E38 (0), I38 (0), E39 (0), I39 (0), E40 (0), I40 (0), E41 (0), I41 (0), E42 (0), I42 (0), E43 (0), I43 (0), E44 (0), I44 (0), E45 (0), I45 (0), E46 (0), I46 (0), E47 (0), I47 (0), E48 (0), I48 (0), E49 (0), I49 (0), E50 (0), I50 (0), E51 (0), I51 (13.33), E52 (86.67) | 0.0 |
| 40295 | ACACB | 6994 | uc001tod.3 | chr12 | 109666576 | 109706030 | + | 300 | 100.0 | 0.71 | 1 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (13.33), E27 (86.67) | 0.0 |
| 40295 | ACACB | 6994 | uc010sxm.2 | chr12 | 109666576 | 109706030 | + | 300 | 100.0 | 0.52 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (13.33), E26 (86.67) | 0.0 |
- 4 geness
Feature Overlaps
| Dmrid | Feature Chr | Feature Start | Feature End | Set | Name | Fields |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 40295 | chr12 | 109703806 | 109704175 | wgEncodeRegDnaseClusteredV2 | 5 | score:245, srow:294101 |
| 40295 | chr12 | 109704286 | 109704550 | wgEncodeRegDnaseClusteredV2 | 8 | score:313, srow:294102 |
| 40295 | chr12 | 109704080 | 109704092 | tfbsConsSites | V$AREB6_01 | score:897, zScore:1.96, srow:1276677 |
| 40295 | chr12 | 109704082 | 109704103 | tfbsConsSites | V$TCF11MAFG_01 | score:757, zScore:1.96, srow:1276678 |
| 40295 | chr12 | 109704104 | 109704113 | tfbsConsSites | V$AP4_Q6 | score:955, zScore:1.92, srow:1276679 |
| 40295 | chr12 | 109704121 | 109704142 | tfbsConsSites | V$HEN1_02 | score:776, zScore:2.03, srow:1276680 |
| 40295 | chr12 | 109704140 | 109704158 | tfbsConsSites | V$SEF1_C | score:755, zScore:2.36, srow:1276681 |
| 40295 | chr12 | 109704179 | 109704195 | tfbsConsSites | V$PPARG_03 | score:785, zScore:1.88, srow:1276682 |
| 40295 | chr12 | 109704251 | 109704266 | tfbsConsSites | V$MEF2_01 | score:764, zScore:1.86, srow:1276683 |
| 40295 | chr12 | 109704092 | 109704092 | cosmic | COSM430293 | srow:307700 |
| 40295 | chr12 | 109704110 | 109704110 | cosmic | COSM934770 | srow:307701 |
| 40295 | chr12 | 109704126 | 109704126 | cosmic | COSM934771 | srow:307702 |
| 40295 | chr12 | 109704163 | 109704163 | cosmic | COSM1561854 | srow:307703 |
| 40295 | chr12 | 109704039 | 109704046 | phastConsElements100way | lod=84 | score:432, srow:2204769 |
| 40295 | chr12 | 109704048 | 109704052 | phastConsElements100way | lod=43 | score:366, srow:2204770 |
| 40295 | chr12 | 109704054 | 109704058 | phastConsElements100way | lod=50 | score:381, srow:2204771 |
| 40295 | chr12 | 109704060 | 109704079 | phastConsElements100way | lod=178 | score:506, srow:2204772 |
| 40295 | chr12 | 109704082 | 109704082 | phastConsElements100way | lod=14 | score:255, srow:2204773 |
| 40295 | chr12 | 109704084 | 109704103 | phastConsElements100way | lod=129 | score:475, srow:2204774 |
| 40295 | chr12 | 109704108 | 109704109 | phastConsElements100way | lod=20 | score:290, srow:2204775 |
| 40295 | chr12 | 109704111 | 109704118 | phastConsElements100way | lod=89 | score:438, srow:2204776 |
| 40295 | chr12 | 109704120 | 109704124 | phastConsElements100way | lod=29 | score:327, srow:2204777 |
| 40295 | chr12 | 109704132 | 109704139 | phastConsElements100way | lod=55 | score:390, srow:2204778 |
| 40295 | chr12 | 109704141 | 109704142 | phastConsElements100way | lod=23 | score:304, srow:2204779 |
| 40295 | chr12 | 109704145 | 109704148 | phastConsElements100way | lod=66 | score:408, srow:2204780 |
- Page 1 of 2
- Next
- 25 of 27 featuress
Omics Overlaps
| Dmrid | Omic Set | Data | Plot |
|---|---|---|---|
| 40295 | cellmeth_recounts | PrEC: 7, LNCaP: 0, DU145: 4 |  |
| 40295 | cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP | A=11, B=0, Length=260, Event=Down, log2FC=-Inf, padj=0.00296620769710024 |  |
| 40295 | cellexp | id=ENSG00000076555, name=ACACB, PrEC=495, str=160, LNCaP=882, str=644, DU145=1210, str=1019 |  |
| 40295 | tcgaexp | gene=ACACB, entrez=32, pos=chr12:109554400-109706030(+), B=2364, L=1249, M=1174, H=948 |  |
| 40295 | tcgaexp | gene=ZNF26, entrez=7574, pos=chr12:93510-133589154(+), B=419, L=392, M=412, H=512 |  |
| 40295 | tcgaexp | gene=ZNF84, entrez=7637, pos=chr12:42780-133639885(+), B=1626, L=1649, M=1716, H=2045 |  |