DMR 41585 chr19:1154501-1154700 (200bp)

DMR Stats
Positionchr19:1154501-1154700 (View on UCSC)
Width200bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesSBNO2 (0bp away)
ANODEV p-value0.00147515888648
FrequenciesBenign: 1.0 (14.29%), Low: 2.0 (33.33%), High: 7.0 (77.78 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
41585 SBNO2 14137 uc002lrk.4 chr19 1107633 1174282 - 200 100.0 0.4 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0) 0.0
41585 SBNO2 14137 uc010dse.3 chr19 1107633 1174282 - 200 100.0 0.32 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0) 0.0
  • 2 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
41585 chr19 1154406 1155995 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 94 score:1000, srow:556521
41585 chr19 1154487 1155020 cpgShore — values(x.gr)[overs$srow, ]:22168
  • 2 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
41585 cellmeth_recounts PrEC: 12, LNCaP: 18, DU145: 15
41585 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=526, B=85, Length=740, Event=Down, log2FC=-2.63, padj=0
41585 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=526, B=18, Length=740, Event=Down, log2FC=-4.87, padj=0
41585 cellmeth_diffreps_LNCaPvsDU145 A=90.87, B=14.03, Length=640, Event=Down, log2FC=-2.7, padj=1.07893105885153e-12
41585 cellexp id=ENSG00000064932, name=SBNO2, PrEC=7522, str=6777, LNCaP=8736, str=5328, DU145=12598, str=8890
41585 tcgaexp gene=SBNO2, entrez=22904, pos=chr19:1107633-1174282(-), B=2793, L=3413, M=3545, H=3653