DMR 42 chr1:3572051-3572200 (150bp)

DMR Stats
Positionchr1:3572051-3572200 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesTP73 (0bp away)
ANODEV p-value0.00899924039374
FrequenciesBenign: 0.0 (0.0%), Low: 3.0 (50.0%), High: 0.0 (0.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
42 TP73 124 uc001akp.3 chr1 3569129 3652765 + 150 100.0 1.53 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0) 0.0
42 TP73 124 uc021ofb.1 chr1 3569129 3652765 + 150 100.0 1.14 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) 0.0
42 TP73 124 uc021ofc.1 chr1 3569129 3652765 + 150 100.0 1.53 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
42 TP73 124 uc021ofd.1 chr1 3569129 3652765 + 150 100.0 1.14 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
42 TP73 124 uc021ofe.1 chr1 3569129 3652765 + 150 100.0 2.5 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
42 TP73 124 uc021off.1 chr1 3569129 3652765 + 150 100.0 2.5 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
  • 6 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
42 chr1 3571807 3572150 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 YY1 score:159, expCount:1, expNums:119, expScores:159, srow:9996
42 chr1 3571637 3573636 cpgShelf — values(x.gr)[overs$srow, ]:296
  • 2 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
42 cellmeth_recounts PrEC: 1, LNCaP: 0, DU145: 3
42 cellexp id=ENSG00000078900, name=TP73, PrEC=67, str=27, LNCaP=532, str=348, DU145=65, str=27
42 tcgaexp gene=TP73, entrez=7161, pos=chr1:3569129-3652765(+), B=296, L=155, M=180, H=163
42 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
42 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305