DMR 42444 chr22:45223801-45224050 (250bp)
| DMR Stats | |
|---|---|
| Position | chr22:45223801-45224050 (View on UCSC) |
| Width | 250bp |
| Genomic Context | intron |
| Nearest Genes | PRR5-ARHGAP8, ARHGAP8 (0bp away) |
| ANODEV p-value | 0.000190795979659 |
| Frequencies | Benign: 0.0 (0.0%), Low: 0.0 (0.0%), High: 9.0 (100.0 %) |
| Frequent? |
Region Count Boxplot
Region Overview
Gene Overlaps
| Dmrid | Gene Symbol | Gene Id | Isoform Id | Isoform Chr | Isoform Start | Isoform End | Isoform Strand | Overlap Bp | Query Overlap Per | Isoform Overlap Per | Noncoding | Promoter Per | Exonintron Per | End Per |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 42444 | PRR5-ARHGAP8 | 19635 | uc003bfd.3 | chr22 | 45098078 | 45258664 | + | 250 | 100.0 | 0.35 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (100), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) | 0.0 |
| 42444 | ARHGAP8 | 19635 | uc003bfi.3 | chr22 | 45148438 | 45246845 | + | 250 | 100.0 | 0.1 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (100), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) | 0.0 |
| 42444 | ARHGAP8 | 19635 | uc003bfj.3 | chr22 | 45148438 | 45258664 | + | 250 | 100.0 | 0.24 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (100), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) | 0.0 |
| 42444 | ARHGAP8 | 19635 | uc003bfk.3 | chr22 | 45148438 | 45258664 | + | 250 | 100.0 | 0.14 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (100), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) | 0.0 |
| 42444 | ARHGAP8 | 19635 | uc003bfl.3 | chr22 | 45182337 | 45258664 | + | 250 | 100.0 | 0.1 | 1 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (100), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) | 0.0 |
| 42444 | ARHGAP8 | 19635 | uc010gzv.3 | chr22 | 45148438 | 45258664 | + | 250 | 100.0 | 0.1 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (100), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) | 0.0 |
| 42444 | PRR5-ARHGAP8 | 19635 | uc011aqi.2 | chr22 | 45098372 | 45258664 | + | 250 | 100.0 | 0.14 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (100), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0) | 0.0 |
| 42444 | PRR5-ARHGAP8 | 19635 | uc011aqj.2 | chr22 | 45121124 | 45258664 | + | 250 | 100.0 | 0.14 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (100), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) | 0.0 |
- 8 geness
Feature Overlaps
| Dmrid | Feature Chr | Feature Start | Feature End | Set | Name | Fields |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 42444 | chr22 | 45223618 | 45224027 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | GATA2 | score:298, expCount:1, expNums:586, expScores:298, srow:2705611 |
| 42444 | chr22 | 45224011 | 45224443 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | CTCF | score:1000, expCount:95, expNums:0,2,5,9,12,14,16,18,20,24,35,37,39,42,44,48,49,137,174,213,262,290,463,493,595,597,598,601,603,604,605,606,607,609,612,615,618,621,627,628,629,630,631,635,636,638,639,640,641,642,643,644,645,646,647,648,650,651,652,653,654,655,656,657,658,659,660,661,662,663,664,665,666,667,668,669,671,672,673,674,675,676,677,678,679,680,681,682,683,684,685,686,687,688,689, expScores:416,320,529,648,228,134,315,216,204,541,149,160,368,103,342,116,128,555,283,351,270,520,396,456,939,516,828,429,561,886,781,499,610,495,478,154,111,513,395,678,504,497,438,532,433,370,357,424,352,561,424,567,1000,491,344,558,822,516,759,617,535,329,549,324,323,461,192,521,537,621,461,574,361,485,179,519,517,498,811,259,416,780,257,442,617,344,299,181,347,121,802,422,772,457,330, srow:2705612 |
- 2 featuress
Omics Overlaps
| Dmrid | Omic Set | Data | Plot |
|---|---|---|---|
| 42444 | cellmeth_recounts | PrEC: 7, LNCaP: 4, DU145: 9 |  |
| 42444 | cellexp | id=ENSG00000241484, name=ARHGAP8, PrEC=203, str=251, LNCaP=95, str=74, DU145=58, str=64 |  |
| 42444 | cellexp | id=ENSG00000248405, name=PRR5-ARHGAP8, PrEC=5, str=30, LNCaP=25, str=12, DU145=8, str=15 |  |
| 42444 | tcgaexp | gene=ARHGAP8, entrez=23779, pos=chr22:45148438-45258664(+), B=851, L=1291, M=1164, H=1009 |  |
| 42444 | tcgaexp | gene=PRR5-ARHGAP8, entrez=553158, pos=chr22:45098078-45258664(+), B=70, L=72, M=82, H=93 |  |
| 42444 | pubmed | gene=ARHGAP8, G=15, GP=0, GC=8, GM=0, GPM=0, GCM=0 |  |
| 42444 | pubmed | gene=PRR5-ARHGAP8, G=1, GP=0, GC=1, GM=0, GPM=0, GCM=0 |  |