DMR 42485 chr22:50174151-50174350 (200bp)

DMR Stats
Positionchr22:50174151-50174350 (View on UCSC)
Width200bp
Genomic Contextpromoter
Nearest GenesBRD1 (0bp away)
ANODEV p-value0.0207988932089
FrequenciesBenign: 1.0 (14.29%), Low: 2.0 (33.33%), High: 7.0 (77.78 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
42485 BRD1 19687 uc003biu.4 chr22 50166937 50221196 - 200 100.0 0.18 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (100), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
42485 BRD1 19687 uc003biv.3 chr22 50166937 50218452 - 200 100.0 0.21 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (100), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
42485 BRD1 19687 uc011arf.2 chr22 50166937 50217979 - 200 100.0 0.21 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (100), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0) 0.0
42485 BRD1 19687 uc011arg.2 chr22 50166937 50217979 - 200 100.0 0.32 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (100), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
42485 BRD1 19687 uc021wrv.1 chr22 50166937 50217979 - 200 100.0 0.32 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (100), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
42485 BRD1 19687 uc021wrw.1 chr22 50166937 50221196 - 200 100.0 0.36 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (100), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0) 0.0
  • 6 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
42485 chr22 50173681 50174575 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 30 score:746, srow:780948
42485 chr22 50172952 50175720 cpgShelf — values(x.gr)[overs$srow, ]:27299
  • 2 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
42485 cellmeth_recounts PrEC: 16, LNCaP: 6, DU145: 3
42485 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=60, B=6, Length=420, Event=Down, log2FC=-3.32, padj=7.56190815198627e-11
42485 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=68, B=3, Length=480, Event=Down, log2FC=-4.5, padj=0
42485 cellexp id=ENSG00000100425, name=BRD1, PrEC=2542, str=2757, LNCaP=2901, str=1953, DU145=1761, str=1993
42485 tcgameth site:cg20080845, B=0.83, L=0.84, H=0.83
42485 tcgaexp gene=BRD1, entrez=23774, pos=chr22:50166937-50221196(-), B=2487, L=2440, M=2453, H=2668