DMR 42565 chrX:153032301-153032450 (150bp)

DMR Stats
PositionchrX:153032301-153032450 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Contextexon
Nearest GenesPLXNB3 (0bp away)
ANODEV p-value0.000313079163351
FrequenciesBenign: 1.0 (14.29%), Low: 2.0 (33.33%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
42565 PLXNB3 31600 uc004fii.2 chrX 153029651 153045940 + 150 100.0 0.15 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (18), E3 (82), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0), I32 (0), E33 (0), I33 (0), E34 (0), I34 (0), E35 (0), I35 (0), E36 (0) 0.0
42565 PLXNB3 31600 uc010nuk.2 chrX 153029651 153045940 + 150 100.0 0.15 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (18), E4 (82), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0), I32 (0), E33 (0), I33 (0), E34 (0), I34 (0), E35 (0), I35 (0), E36 (0), I36 (0), E37 (0) 0.0
42565 PLXNB3 31600 uc011mzb.2 chrX 153029651 153037742 + 150 100.0 0.15 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0) 0.0
42565 PLXNB3 31600 uc011mzc.2 chrX 153029651 153038396 + 150 100.0 0.15 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
42565 PLXNB3 31600 uc011mzd.2 chrX 153029651 153045940 + 150 100.0 0.15 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (100), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0), I32 (0), E33 (0), I33 (0), E34 (0), I34 (0), E35 (0) 0.0
  • 5 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
42565 chrX 153032386 153032855 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 10 score:371, srow:1280050
42565 chrX 153031802 153032397 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 ZNF263 score:234, expCount:1, expNums:368, expScores:234, srow:4375613
42565 chrX 153032338 153032350 tfbsConsSites V$ZID_01 score:859, zScore:1.89, srow:5787734
42565 chrX 153032444 153032457 tfbsConsSites V$MYCMAX_01 score:820, zScore:2.06, srow:5787735
42565 chrX 153032349 153032349 cosmic COSM1625677 srow:1283302
42565 chrX 153032349 153032349 cosmic COSM1625678 srow:1283303
42565 chrX 153032363 153032363 cosmic COSM1599038 srow:1283304
42565 chrX 153032363 153032363 cosmic COSM1117486 srow:1283305
42565 chrX 153032368 153032368 cosmic COSM1466592 srow:1283306
42565 chrX 153032394 153032394 cosmic COSM1599037 srow:1283307
42565 chrX 153032394 153032394 cosmic COSM1117487 srow:1283308
42565 chrX 153032418 153032418 cosmic COSM1599036 srow:1283309
42565 chrX 153032418 153032418 cosmic COSM1117488 srow:1283310
42565 chrX 153032442 153032442 cosmic COSM355754 srow:1283311
42565 chrX 153032326 153032328 phastConsElements100way lod=21 score:295, srow:10079524
42565 chrX 153032337 153032340 phastConsElements100way lod=25 score:312, srow:10079525
42565 chrX 153032367 153032372 phastConsElements100way lod=20 score:290, srow:10079526
42565 chrX 153032382 153032383 phastConsElements100way lod=14 score:255, srow:10079527
42565 chrX 153032422 153032424 phastConsElements100way lod=22 score:300, srow:10079528
42565 chrX 153032433 153032454 phastConsElements100way lod=96 score:445, srow:10079529
42565 chrX 153030469 153032468 cpgShore — values(x.gr)[overs$srow, ]:51499
  • 21 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
42565 cellmeth_recounts PrEC: 1, LNCaP: 8, DU145: 3
42565 cellexp id=ENSG00000198753, name=PLXNB3, PrEC=1282, str=4331, LNCaP=2389, str=1142, DU145=240, str=114
42565 tcgaexp gene=IL9R, entrez=3581, pos=chrX:59330252-155240482(+), B=6, L=4, M=6, H=9
42565 tcgaexp gene=PLXNB3, entrez=5365, pos=chrX:153029651-153045940(+), B=1433, L=2478, M=2501, H=2656
42565 tcgaexp gene=VAMP7, entrez=6845, pos=chrX:59213949-155173433(+), B=2541, L=2446, M=2565, H=2891
42565 tcgaexp gene=SPRY3, entrez=10251, pos=chrX:59100457-155012117(+), B=156, L=117, M=100, H=75
42565 pubmed gene=PLXNB3, G=16, GP=1, GC=7, GM=0, GPM=0, GCM=0