DMR 47421 chr1:3072001-3072300 (300bp)

DMR Stats
Positionchr1:3072001-3072300 (View on UCSC)
Width300bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesPRDM16 (0bp away)
ANODEV p-value0.00421860641917
FrequenciesBenign: 7.0 (100.0%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
47421 PRDM16 117 uc001akc.3 chr1 2985742 3355185 + 300 100.0 0.34 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
47421 PRDM16 117 uc001ake.3 chr1 2985742 3355185 + 300 100.0 0.42 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
47421 PRDM16 117 uc001akf.3 chr1 2985742 3355185 + 300 100.0 0.21 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
47421 PRDM16 117 uc009vlh.3 chr1 2985742 3355185 + 300 100.0 0.21 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
  • 4 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
47421 chr1 3071741 3072235 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 8 score:531, srow:2239
47421 chr1 3072242 3072260 tfbsConsSites V$OCT1_01 score:789, zScore:1.78, srow:5766
47421 chr1 3072246 3072259 tfbsConsSites V$CEBP_Q2 score:907, zScore:2.24, srow:5767
47421 chr1 3072040 3072049 phastConsElements100way lod=13 score:247, srow:13166
47421 chr1 3072052 3072063 phastConsElements100way lod=14 score:255, srow:13167
47421 chr1 3072138 3072140 phastConsElements100way lod=22 score:300, srow:13168
47421 chr1 3072289 3072292 phastConsElements100way lod=17 score:274, srow:13169
47421 chr1 3071900 3072239 cpgIsland CpG: 27 length:340, cpgNum:27, gcNum:205, perCpg:15.9, perGc:60.3, obsExp:0.88, srow:243
47421 chr1 3072240 3074239 cpgShore — values(x.gr)[overs$srow, ]:395
  • 9 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
47421 cellmeth_recounts PrEC: 78, LNCaP: 4, DU145: 13
47421 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=171, B=3, Length=820, Event=Down, log2FC=-5.83, padj=0
47421 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=169, B=14, Length=760, Event=Down, log2FC=-3.59, padj=0
47421 cellexp id=ENSG00000142611, name=PRDM16, PrEC=8, str=18, LNCaP=18, str=10, DU145=49, str=42
47421 tcgameth site:cg01104489, B=0.74, L=0.63, H=0.62
47421 tcgameth site:cg09321238, B=0.75, L=0.69, H=0.65
47421 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
47421 tcgaexp gene=PRDM16, entrez=63976, pos=chr1:2985742-3355185(+), B=306, L=40, M=53, H=56
47421 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305