DMR 47427 chr1:3162901-3163050 (150bp)

DMR Stats
Positionchr1:3162901-3163050 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesPRDM16 (0bp away)
ANODEV p-value0.0202106909361
FrequenciesBenign: 7.0 (100.0%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
47427 PRDM16 117 uc001akc.3 chr1 2985742 3355185 + 150 100.0 0.26 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (100), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
47427 PRDM16 117 uc001ake.3 chr1 2985742 3355185 + 150 100.0 0.43 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (100), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
47427 PRDM16 117 uc001akf.3 chr1 2985742 3355185 + 150 100.0 0.24 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (100), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
47427 PRDM16 117 uc009vlh.3 chr1 2985742 3355185 + 150 100.0 0.6 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (100), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
  • 4 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
47427 chr1 3161970 3163969 cpgShore — values(x.gr)[overs$srow, ]:408
  • 1 features

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
47427 cellmeth_recounts PrEC: 79, LNCaP: 3, DU145: 6
47427 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=169, B=2, Length=1000, Event=Down, log2FC=-6.4, padj=0
47427 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=168, B=12, Length=940, Event=Down, log2FC=-3.81, padj=0
47427 cellexp id=ENSG00000142611, name=PRDM16, PrEC=8, str=18, LNCaP=18, str=10, DU145=49, str=42
47427 tcgameth site:cg10952596, B=0.75, L=0.56, H=0.52
47427 tcgameth site:cg13427179, B=0.79, L=0.72, H=0.68
47427 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
47427 tcgaexp gene=PRDM16, entrez=63976, pos=chr1:2985742-3355185(+), B=306, L=40, M=53, H=56
47427 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305