DMR 51889 chr19:5076151-5076350 (200bp)

DMR Stats
Positionchr19:5076151-5076350 (View on UCSC)
Width200bp
Genomic Contextintron
Nearest GenesKDM4B (0bp away)
ANODEV p-value0.0138221077611
FrequenciesBenign: 5.0 (71.43%), Low: 6.0 (100.0%), High: 3.0 (33.33 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
51889 KDM4B 14281 uc002mbq.4 chr19 4969124 5153608 + 200 100.0 0.11 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (100), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0) 0.0
51889 KDM4B 14281 uc002mbr.4 chr19 5070629 5153608 + 200 100.0 0.14 0 0.0 E1 (0), I1 (100), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0) 0.0
51889 KDM4B 14281 uc010xil.1 chr19 4969124 5113351 + 200 100.0 0.11 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (100), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
51889 KDM4B 14281 uc010xim.2 chr19 5016268 5153608 + 200 100.0 0.74 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (100), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0) 0.0
  • 4 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
51889 chr19 5076032 5076905 cpgIsland CpG: 73 length:874, cpgNum:73, gcNum:540, perCpg:16.7, perGc:61.8, obsExp:0.88, srow:12644
  • 1 features

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
51889 cellmeth_recounts PrEC: 21, LNCaP: 3, DU145: 1
51889 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=661, B=37, Length=1520, Event=Down, log2FC=-4.16, padj=0
51889 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=660, B=41, Length=1480, Event=Down, log2FC=-4.01, padj=0
51889 cellexp id=ENSG00000127663, name=KDM4B, PrEC=2064, str=4772, LNCaP=6147, str=5183, DU145=2309, str=1622
51889 tcgaexp gene=KDM4B, entrez=23030, pos=chr19:4969124-5153608(+), B=4743, L=7621, M=6752, H=6464