DMR 7359 chr15:28393901-28395750 (1850bp)
| DMR Stats | |
|---|---|
| Position | chr15:28393901-28395750 (View on UCSC) |
| Width | 1850bp |
| Genomic Context | intron |
| Nearest Genes | HERC2 (0bp away) |
| ANODEV p-value | 0.00930012750468 |
| Frequencies | Benign: 7.0 (100.0%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %) |
| Frequent? |
Region Count Boxplot
Region Overview
Gene Overlaps
| Dmrid | Gene Symbol | Gene Id | Isoform Id | Isoform Chr | Isoform Start | Isoform End | Isoform Strand | Overlap Bp | Query Overlap Per | Isoform Overlap Per | Noncoding | Promoter Per | Exonintron Per | End Per |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7359 | HERC2 | 9112 | uc001zbj.4 | chr15 | 28356183 | 28567298 | - | 1850 | 100.0 | 0.91 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0), I26 (0), E27 (0), I27 (0), E28 (0), I28 (0), E29 (0), I29 (0), E30 (0), I30 (0), E31 (0), I31 (0), E32 (0), I32 (0), E33 (0), I33 (0), E34 (0), I34 (0), E35 (0), I35 (0), E36 (0), I36 (0), E37 (0), I37 (0), E38 (0), I38 (0), E39 (0), I39 (0), E40 (0), I40 (0), E41 (0), I41 (0), E42 (0), I42 (0), E43 (0), I43 (0), E44 (0), I44 (0), E45 (0), I45 (0), E46 (0), I46 (0), E47 (0), I47 (0), E48 (0), I48 (0), E49 (0), I49 (0), E50 (0), I50 (0), E51 (0), I51 (0), E52 (0), I52 (0), E53 (0), I53 (0), E54 (0), I54 (0), E55 (0), I55 (0), E56 (0), I56 (0), E57 (0), I57 (0), E58 (0), I58 (0), E59 (0), I59 (0), E60 (0), I60 (0), E61 (0), I61 (0), E62 (0), I62 (0), E63 (0), I63 (0), E64 (0), I64 (0), E65 (0), I65 (0), E66 (0), I66 (0), E67 (0), I67 (0), E68 (0), I68 (0), E69 (0), I69 (0), E70 (0), I70 (100), E71 (0), I71 (0), E72 (0), I72 (0), E73 (0), I73 (0), E74 (0), I74 (0), E75 (0), I75 (0), E76 (0), I76 (0), E77 (0), I77 (0), E78 (0), I78 (0), E79 (0), I79 (0), E80 (0), I80 (0), E81 (0), I81 (0), E82 (0), I82 (0), E83 (0), I83 (0), E84 (0), I84 (0), E85 (0), I85 (0), E86 (0), I86 (0), E87 (0), I87 (0), E88 (0), I88 (0), E89 (0), I89 (0), E90 (0), I90 (0), E91 (0), I91 (0), E92 (0), I92 (0), E93 (0) | 0.0 |
- 1 genes
Feature Overlaps
Omics Overlaps
| Dmrid | Omic Set | Data | Plot |
|---|---|---|---|
| 7359 | cellmeth_recounts | PrEC: 350, LNCaP: 62, DU145: 302 |  |
| 7359 | cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP | A=425, B=32, Length=1500, Event=Down, log2FC=-3.73, padj=0 |  |
| 7359 | cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP | A=212, B=22, Length=820, Event=Down, log2FC=-3.27, padj=0 |  |
| 7359 | cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 | A=198, B=53, Length=520, Event=Down, log2FC=-1.9, padj=0 |  |
| 7359 | cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 | A=189, B=66, Length=640, Event=Down, log2FC=-1.52, padj=5.62026530705589e-13 |  |
| 7359 | cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 | A=189, B=81, Length=600, Event=Down, log2FC=-1.22, padj=3.01619298358197e-09 |  |
| 7359 | cellmeth_diffreps_LNCaPvsDU145 | A=10.69, B=83.25, Length=620, Event=Up, log2FC=2.96, padj=7.59423250399034e-13 |  |
| 7359 | cellmeth_diffreps_LNCaPvsDU145 | A=5.35, B=28.06, Length=200, Event=Up, log2FC=2.39, padj=0.0042937397703766 |  |
| 7359 | cellmeth_diffreps_LNCaPvsDU145 | A=6.41, B=32.74, Length=280, Event=Up, log2FC=2.35, padj=0.00151722018816263 |  |
| 7359 | cellmeth_diffreps_LNCaPvsDU145 | A=6.41, B=43.96, Length=420, Event=Up, log2FC=2.78, padj=5.57625946971162e-06 |  |
| 7359 | cellexp | id=ENSG00000128731, name=HERC2, PrEC=5705, str=5515, LNCaP=4308, str=4297, DU145=9145, str=7621 |  |
| 7359 | tcgaexp | gene=HERC2, entrez=8924, pos=chr15:28356183-28567298(-), B=4617, L=5100, M=4905, H=4916 |  |