DMR 75 chr1:6520901-6521250 (350bp)

DMR Stats
Positionchr1:6520901-6521250 (View on UCSC)
Width350bp
Genomic Context3' end
Nearest GenesESPN, TNFRSF25 (0bp away)
ANODEV p-value0.00201292715659
FrequenciesBenign: 7.0 (100.0%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
75 ESPN 151 uc001amy.3 chr1 6484848 6521004 + 104 29.71 0.18 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (29.71) 100.0
75 ESPN 151 uc001amz.3 chr1 6508103 6521004 + 104 29.71 0.3 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (29.71) 100.0
75 TNFRSF25 153 uc001ana.3 chr1 6521214 6526255 - 37 10.57 0.48 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (10.57) 100.0
75 TNFRSF25 153 uc001anb.3 chr1 6521214 6526255 - 37 10.57 0.48 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (10.57) 100.0
75 TNFRSF25 153 uc001anc.3 chr1 6521214 6526255 - 37 10.57 0.8 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (10.57) 100.0
75 TNFRSF25 153 uc001and.3 chr1 6521214 6526255 - 37 10.57 0.48 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (10.57) 100.0
75 TNFRSF25 153 uc001ane.3 chr1 6521214 6526255 - 37 10.57 0.48 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (10.57) 100.0
75 TNFRSF25 153 uc001anf.3 chr1 6521214 6526255 - 37 10.57 0.8 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (10.57) 100.0
75 TNFRSF25 153 uc001ang.3 chr1 6521214 6526255 - 37 10.57 0.18 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (10.57) 100.0
75 TNFRSF25 153 uc001anh.3 chr1 6521214 6526255 - 37 10.57 0.24 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (10.57) 100.0
75 TNFRSF25 153 uc009vlz.3 chr1 6521214 6526255 - 37 10.57 0.18 1 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (10.57) 100.0
75 TNFRSF25 153 uc031pla.1 chr1 6521214 6523682 - 37 10.57 0.3 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (10.57) 100.0
  • 12 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
75 chr1 6521046 6521410 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 4 score:413, srow:5084
75 chr1 6520757 6521196 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 UBTF score:142, expCount:1, expNums:548, expScores:142, srow:14314
75 chr1 6521241 6521247 phastConsElements100way lod=32 score:337, srow:22904
75 chr1 6520585 6521955 cpgIsland CpG: 109 length:1371, cpgNum:109, gcNum:882, perCpg:15.9, perGc:64.3, obsExp:0.77, srow:335
  • 4 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
75 cellmeth_recounts PrEC: 152, LNCaP: 171, DU145: 27
75 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=151, B=87, Length=300, Event=Down, log2FC=-0.8, padj=0.00112086741868116
75 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=1496, B=807, Length=880, Event=Down, log2FC=-0.89, padj=0
75 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=1693, B=45, Length=1580, Event=Down, log2FC=-5.23, padj=0
75 cellmeth_diffreps_LNCaPvsDU145 A=1219.78, B=47.71, Length=2280, Event=Down, log2FC=-4.68, padj=0
75 cellexp id=ENSG00000187017, name=ESPN, PrEC=1304, str=2131, LNCaP=137, str=104, DU145=32, str=15
75 cellexp id=ENSG00000215788, name=TNFRSF25, PrEC=1667, str=5127, LNCaP=157, str=40, DU145=302, str=126
75 tcgameth site:cg11404945, B=0.8, L=0.78, H=0.76
75 tcgameth site:cg23449295, B=0.68, L=0.68, H=0.63
75 tcgaexp gene=TNFRSF25, entrez=8718, pos=chr1:6521214-6526255(-), B=97, L=93, M=83, H=86
75 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
75 tcgaexp gene=ESPN, entrez=83715, pos=chr1:6484848-6521004(+), B=401, L=335, M=296, H=179
75 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305